먼저 전기영동 gel의 well상태가 좋지는 않습니다.
양쪽 marker와 sample lane을 보면 수직으로 끌린 현상이 보이는데 이것은 sample에 불순물이
혼합된 경우도 나타나지만 well이 좋지 않아 나타나는 경우도 많습니다.
RNA 분리 후 정확한 전기영동 분석을 위해서는 변성 RNA 전기영동을 해야지만
알수 있습니다.
요즘에들어서 RNA를 일반 전기영동으로 분석하는 분들이 많은데 대충 보이기는 하지만
변성 전기영동을 하는것 보다 깨끗하게 분석이 불가능합니다.
첨부한 사진을 보면 상당히 안좋게 보이네요..
다시하는게 좋지 않을까 합니다.
RNA의 경우 DNA 보다 훨씬 추출하기가 쉬워서 kit보다 시약을 사용해서 추출하는게
나을수도 있습니다.
추출시간도 1시간 정도 걸리고 RNA 수율, 순도도 잘나옵니다.
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레벨1
aa356
(과기인)
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18.11.05 14:08
답변주셔서 감사합니다. 말씀하신대로 RNA를 다시 추출할 예정이며, 그렇다면 혹시 well 상태가 좋게 하려면 어떻게 해야할까요
agarose는 입자를 완전히 녹은걸 잘 확인하여 사용하고 comb은 알콜로 잘 세척하여
앞전 실험에 사용하다 미세하게 붙어있는 agarose 조각이나 필름등이 남아있지 않는지
잘 확인한 후 사용합니다.
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레벨1
aa356
(과기인)
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18.11.05 14:23
감사합니다 ㅠㅠ
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레벨1
Q.E.D.
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18.11.05 18:25
추가로 135V 에서 10분 동안 내리는 방법을 추천합니다.
그럼 수고하세요 ^ ^
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레벨1
fullbloom
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18.11.05 19:02
음 RNA 양은 얼마나 로딩하셨나요? RNA conc.에 비해 staining reagent 양이 적어보이기도 하네요
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레벨1
DASgesunde
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18.11.07 17:55
0. 일단 degradation은 아닙니다. 다만 final purity에 문제는 있어보입니다.
1. gel을 fresh하게 만들었는지, buffer는 갈아주고 내린건지 궁금합니다.
ladder도 resolution 떨어지는 걸 보니 gel이나 loading dye 문제일 수 있습니다.
2. 샘플의 260/280 ratio가 몇인지 궁금합니다. (RNA면 1.90~2.00 부근이 좋다고 합니다)
값이 안 좋은데 버리기 아까우시면 추가 Phenol/Chloroform 후 EtOH 침전 권장합니다.
3. EtBr 기준 100~200ng 정도면 sharp한 밴드 보실 수 있습니다.
그게 아니여도 너무 많이 loading은 안 하시는 걸 권장합니다.
4. 보통 저런 경우, gel 새로 만들고, original 잘 vortex한뒤 dilution 새로 해서 내리면 멀쩡합니다.