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레벨1
Q.E.D.
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18.09.20 21:17
제가 전에 학술 담당자분께 miRNA에 대해 PT를 배울 때
miRNA의 기능과 어떤 유전자에 작용하는지 정확하게 명명이 되어 있는 경우에는
data base상에 5p, 3p로 명명이 되어있고
그렇지 않은 경우 * 표시로 명명 된다고 들었습니다.
그리고 qPCR을 할 때는 5p나 3p중 한 가지만 있어도 가능합니다.
지금 논문에 miRNA 결과를 넣고 싶은 거라면
해당 유전자를 찾고 그 유전자에 대한 control miRNA도 있어야 할 텐데
그 부분도 확인을 하시구요, 이 경우 Mouse / Human 인지에 따라 사용하는
종류가 다르니까 확인해야 합니다.
그리고 처음이라면 기기가 본인 랩에 구비되어 있지 않거나 해서
공기계를 사용해야 할 텐데, 이 경우 기기 사용에 따라 결과가 달라지기도 합니다.
Taqman prove를 이용한 방법이 좀 더 정확하구요
Total RNA를 뽑아서 정량을 하고
RT-RCR을 할때 mature miRNA를 정량해 주는 KIT를 사용 한 후에
qRCR을 하면 됩니다.
사수가 없이 본인이 처음 해야 하는 거라면
사용할 기기 장비 회사에서 시약과 miRNA를 구매하고
그 과정에서 장비 사용법과 학술문의를 하는게
시간과 오차를 줄일 수 있습니다.
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레벨1
DASgesunde
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18.11.07 17:37
microRNA 생성과정 보시면 아시겠지만 기본적으로는 duplex 형태로 나오게 되고 둘 중 하나가 functional하게 gene silencing을 수행합니다.
이 때 primary 및 precursor form 기준으로 5'쪽에 가까운 strand를 miR-XXX-5p, 3'쪽에 가까운 strand를 miR-XXX-3p 라고 하고, 이 둘 중 AGO에 잘 들어가 gene silencing을 수행하는 특정 strand를 mature라고 합니다.
다만 이런 naming system은 miRNA 연구가 활성화되면서 정착된 것이라, 그전에 발견된 miRNA의 경우 function 자체로 유명해진 것들은 굳이 5p/3p를 붙이지 않고 고유명사처럼 쓰는 경우도 있습니다.
따라서 저런 경우는 그냥 miR-668-5p/3p 중 발현이 높은 쪽이거나 (AGO에 많이 들어가면 그만큼 안정적이라서) 맥락 상 특정 gene의 mRNA와 결합 가능한 strand를 의미합니다.