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 전체 > Molecular Biology-RNA > Small RNA Analysis
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질문 miRNA고수님들 도와주세요!: 논문결과, miR-200b VS miR-200b-3p
알(일반인)  |  2018.09.20 19:33
안녕하세요..
제 연구분야에 miR 결과를 함께 넣고싶어 막 miR에 공부하고 있는 사람인데요..

miR의 논문들을 보니 아래처럼 3 arm / 5 arm에 대한 명명까지 붙여놓은것이 있고 아닌것이 있었습니다..
------------------
miR-668
miR-219-1-3p
miR-615-5p
------------------

miR-668은 miRBase에서 찾아보면
miR-668-3p / 5p 모두 찾아져서.. 왜 저렇게 결과를 논해놨는지 잘 이해가 안됩니다 ㅠㅠ

그래서 제가 알고싶은것은, 
miR-668은..
위 논문에서 precursor miRNA를 의미하는 것일까요?
아니면 mature이지만 miRNA PCR결과에서는 종종 저렇게 써놓기도 하는건가요...?


miR연구자님들.. 답변해주시면 정말 감사드립니다..감사힙니다!
#miRNA
 
#PCR
 
#mature miRNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
제가 전에 학술 담당자분께 miRNA에 대해 PT를 배울 때
miRNA의 기능과 어떤 유전자에 작용하는지 정확하게 명명이 되어 있는 경우에는 
data base상에 5p, 3p로 명명이 되어있고
그렇지 않은 경우 * 표시로 명명 된다고 들었습니다.
그리고 qPCR을 할 때는 5p나 3p중 한 가지만 있어도 가능합니다.

지금 논문에 miRNA 결과를 넣고 싶은 거라면
해당 유전자를 찾고 그 유전자에 대한 control miRNA도 있어야 할 텐데
그 부분도 확인을 하시구요, 이 경우 Mouse / Human 인지에 따라 사용하는 
종류가 다르니까 확인해야 합니다.
그리고 처음이라면 기기가 본인 랩에 구비되어 있지 않거나 해서
공기계를 사용해야 할 텐데, 이 경우 기기 사용에 따라 결과가 달라지기도 합니다.

Taqman prove를 이용한 방법이 좀 더 정확하구요
Total RNA를 뽑아서 정량을 하고
RT-RCR을 할때 mature miRNA를 정량해 주는 KIT를 사용 한 후에
qRCR을 하면 됩니다.

사수가 없이 본인이 처음 해야 하는 거라면
사용할 기기 장비 회사에서 시약과 miRNA를 구매하고
그 과정에서 장비 사용법과 학술문의를 하는게 
시간과 오차를 줄일 수 있습니다.

개구리Q.E.D.  |  2018.09.20   
microRNA 생성과정 보시면 아시겠지만 기본적으로는 duplex 형태로 나오게 되고 둘 중 하나가 functional하게 gene silencing을 수행합니다.

이 때 primary 및 precursor form 기준으로 5'쪽에 가까운 strand를 miR-XXX-5p, 3'쪽에 가까운 strand를 miR-XXX-3p 라고 하고, 이 둘 중 AGO에 잘 들어가 gene silencing을 수행하는 특정 strand를 mature라고 합니다.

다만 이런 naming system은 miRNA 연구가 활성화되면서 정착된 것이라, 그전에 발견된 miRNA의 경우 function 자체로 유명해진 것들은 굳이 5p/3p를 붙이지 않고 고유명사처럼 쓰는 경우도 있습니다.

따라서 저런 경우는 그냥 miR-668-5p/3p 중 발현이 높은 쪽이거나 (AGO에 많이 들어가면 그만큼 안정적이라서) 맥락 상 특정 gene의 mRNA와 결합 가능한 strand를 의미합니다.
알DASgesunde  |  2018.11.07   
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