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PCR 후 전기영동 확인 시
1) Target gene 증폭이 잘되고 primer dimer가 보이는 경우
: primer 양을 줄이면 됩니다
2) Target gene 증폭이 잘 안되고 primer dimer가 보이는 경우
: PCR 조건을 재 검토 해야합니다.
일반적인 gene보다 크기가 작은 primer(10mer~30mer)의 경우 ATGC중 하나 둘만 상보성 있어도
dimer를 만들기 때문에 primer dimer가 보이는 것은 큰 문제는 없습니다.
Target gene 증폭이 잘되느냐 안되느냐로 판단하면 됩니다.
예) F = GGNGACTGGGACTTCTGG
R = CCGGCGCAACGTCCTTACC
위의 primer의 경우 증폭 후 primer가 사용되고 남아 있으면 실온으로 온도를 내릴경우 즉시
수소 결합을 해버립니다. 따라서 primer dimer는 크게 신경 안써도 됩니다.
Target gene 증폭 유무로 판단하세요.
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레벨3
neuron
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18.09.20 16:43
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
프라이머 넣고 돌려봐요
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레벨6
Applied_Microbe
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18.09.20 17:46
Template DNA를 넣고 PCR을 해서 문제가 발생했다면 모를까.... primer dimer는 어느정도 관찰됩니다. 너무 심하다면 그때에는 primer 위치를 수정해야하겠죠 annealing temp.를 조정해도 어느정도 완화될 수는 있습니다.
(G+C)% content가 너무 높아요.
이런경우 PCR이 어렵습니다.
Tm이 너무 높아서 annealing temp를 거의 70도시 이상으로 올려도 안되는 경우가 많습니다.
유전자의 다른 부분에서 50% 근처를 찾아야 할것 같군요.
메탄형성능 세균 확인용인가요? 사이즈 부근에서 끌린 흔적 있으면 annealing temp 서서히 올려보세요