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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 프라이머 다이머가 많이 보이는데 시퀀스가 이상한건지 확인 부탁드립니다.
알고민고민2(대학생)  |  2018.09.20 15:31
안녕하세요

현재 DNA 샘플로 PCR 수행중인 학생입니다
전기영동만 돌리면 프라이머 다이머가 보이는 것 같아서
혹시 현재 사용하고 있는 프라이머가 좋지 않은 것인지 여쭈어봅니다.


F = GGNGACTGGGACTTCTGG
R = CCGGCGCAACGTCCTTACC

이렇게 두가지 사용하고 있는데 저희가 분자생물 랩이 아닌지라 확인이 힘이 드네요


확인 부탁드리겠습니다..! 

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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

PCR 후 전기영동 확인 시

1) Target gene 증폭이 잘되고 primer dimer가 보이는 경우
: primer 양을 줄이면 됩니다

2) Target gene 증폭이 잘 안되고 primer dimer가 보이는 경우
: PCR 조건을 재 검토 해야합니다.

일반적인 gene보다 크기가 작은 primer(10mer~30mer)의 경우 ATGC중 하나 둘만 상보성 있어도

dimer를 만들기 때문에 primer dimer가 보이는 것은 큰 문제는 없습니다.

Target gene 증폭이 잘되느냐 안되느냐로 판단하면 됩니다.

예) F = GGNGACTGGGACTTCTGG
     R = CCGGCGCAACGTCCTTACC

위의 primer의 경우 증폭 후 primer가 사용되고 남아 있으면 실온으로 온도를 내릴경우 즉시


수소 결합을 해버립니다. 따라서 primer dimer는 크게 신경 안써도 됩니다.

Target gene 증폭 유무로 판단하세요.



대왕개구리SPEED  |  2018.09.20   
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ 

프라이머 넣고 돌려봐요
뒷다리neuron  |  2018.09.20   

Template DNA를 넣고 PCR을 해서 문제가 발생했다면 모를까.... primer dimer는 어느정도 관찰됩니다. 너무 심하다면 그때에는 primer 위치를 수정해야하겠죠 annealing temp.를 조정해도 어느정도 완화될 수는 있습니다.

꽃개구리Applied_Microbe  |  2018.09.20   
(G+C)% content가 너무 높아요.
이런경우 PCR이 어렵습니다.
Tm이 너무 높아서 annealing temp를 거의 70도시 이상으로 올려도 안되는 경우가 많습니다.
유전자의 다른 부분에서 50% 근처를 찾아야 할것 같군요.
대왕개구리강시  |  2018.09.21   
메탄형성능 세균 확인용인가요? 사이즈 부근에서 끌린 흔적 있으면 annealing temp 서서히 올려보세요
꽃개구리유용규  |  2018.09.26   
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