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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 PCR 전기영동 시 프라이머 다이머만 보이고 타겟 진 밴드는 안보이는 현상
알고민고민2(대학생)  |  2018.09.20 12:01
안녕하세요


토양에서 DNA를 추출하여 PCR 수행하고 있는 대학원생입니다.
저희 연구실이 미생물 특성화된 랩은 아니어서 여기에 질문을 드립니다
현재 토양 내에서 특정 유전자 부위를 타겟으로 해서 PCR을 수행중에 있습니다
그런데 전기영동을 내리게 되면 타겟 진 부분의 밴드가 뜨는 것이 아니라 100bp 부근에서 primer dimer로 추정되는 밴드만 나타나게 됩니다(negative control로 dw넣고 PCR한 후에 전기영동 내려도 같은 부위에서 밴드가 형성됩니다. 이 것 때문에 dimer라고 추정하고 있습니다.)


프라이머 시퀀스의 경우 많은 논문들에서 사용하고 있는 시퀀스를 그대로 사용하였구요


어떤 점이 문제일까요? 답변 부탁드립니다


감사합니다..! 
#DNA
 
#PCR
 
#전기영동
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
주문한 primer마다 고유의 annealing 온도가 있지만 스크리닝 해서 제일 좋은 효율을 보이는 온도를 찾아야되요 annealing 온도를 다 다르게해서 조건 부터 잡아야할것같아요
알it's real  |  2018.09.20   
positive control과 negative control은 어떻게 하셨나요?
positive control이 없으면 어느 단계에서 잘못되었는지 알 수 없어요.
대왕개구리강시  |  2018.09.20   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

이런 실험의 경우 토양내에 primer로 증폭 될 미생물이 없는 경우가 많습니다.

Primer의 target이 되는 미생물 표준 균주를 대상으로 먼저 PCR을 진행 해서 증폭이

잘 되는지 한번 확인해 보세요

대왕개구리SPEED  |  2018.09.20   
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