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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 증류수를 넣고 PCR을 돌리고도 밴드가 나오면 프라이머의 문제인가요?
알고민고민2(대학생)  |  2018.09.20 09:35
첨부파일 파일첨부: KakaoTalk_20180920_092953614.jpg (52 KB)
이미지 첨부파일
안녕하세요

현재 토양에서 DNA를 추출하여 functional  gene을 보고 있는 학생입니다.
primer가 타겟진을 잘 증폭시키는지 확인하기 위해서 전기영동을 확인중입니다.
그런데 첨부해드린 사진에서 보시다 시피 밴드 자체도 깔끔하게 나오지 않고 약간 끌림 현상이 발생하구요 1~4번 라인은 DNA 템플릿을 넣고 PCR을 수행한 것을 젤 내린 것이고 5~8번은 DNA 템플릿 대신 3차 증류수를 넣고 PCR을 하여 젤 내린 것입니다. 이상하게도 증류수에서도 DNA 샘플과 같은 위치에서 발광하는 것을 볼 수 있습니다.


혹시 이런 경우에는 프라이머가 문제일까요? 아니면 어떤 것이 문제일지 질문 드립니다.


즐거운 한가위 보내세요.! 
#DNA
 
#PCR
 
#전기영동
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리곰돌2  |  2018.09.20   

DNA size marker를 볼수 없어서 확실치는 않으나,

해당 밴드는 Primer dimer인것으로 생각됩니다.

알고민고민2  |  2018.09.20   
답변 감사드립니다.

레더가 계속 이상하게 나와서 확인을 못하다가 오늘 레더랑 같이 해본 결과 100bp 근처인것으로 보아
말씀하신 것과 같이 dimer가 맞는 것 같습니다.


한가지만 더 여쭤볼 것이, 현재 제가 수행하는 것은 토양 DNA에서 타겟 진을 증폭하여 보는 것입니다. 그래서 사실상 스텝 도중 DNA가 분해되거나 하는 일은 없을 것 같은데, 타겟으로 하는 진은 500bp 근처구요. 왜 타겟으로 하는 500bp 근처에서는 밴드가 하나도 안나오고 dimer만 생성이 되는 것일까요? 
프라이머는 많은 논문들에서 주로 사용하는 프라이머 시퀀스를 이용하였습니다.

감사합니다..! 
알it's real  |  2018.09.20   
ㅋㅋㅋ 논문들 믿지마세요 직접해봐야 압니다.
꽃개구리Applied_Microbe  |  2018.09.20   
primer dimer가 어떤 primer 를 사용하는지 확인해야겠지만... 50bp를 넘지는 않습니다. primer가 20bp씩이라 가정할때요... 그러니깐... 100bp 부근이 아니라 좀 아래에서 보이겠죠.... agarose gel의 퍼센트에 따라 다르겠지만요...

target size의 PCR product가 없이 primer dimer (맞다면요)만 형성된다면... 지금 증폭에 사용한 sample 속에 target DNA 가 없는겁니다. DNA 추출과정이 적합하지 않거나.... 추출은 잘 되었지만.. target이 없는 것일 수 있습니다.
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