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질문 Protein preparation wizard 프로그램
올챙이마가라즈(대학원생)  |  2018.09.15 20:17
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we conducted computational reverse docking with 17 plasma membrane residential
kinase structures downloaded from the Protein Data Bank (PDB; http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do), and found that kaempferol showed the lowest stand-free energy value, with about –9.083 kcal/mol against the ATP-binding site of the FGFR3 kinase (PDB code: 4K33)

The crystal structure was prepared using the protein Preparation Wizard in Maestro v9.2. Hydrogen was added consistent with a pH of 7.0., and all water molecules were removed. The structure was then minimized with a root-mean-square deviation cutoff value of 0.3 Å. The program Glide v5.7, which approximated a complete systematic search of the conformational,
orientational, and positional space of the docked ligand, was used for ligand docking. The receptor grid was created with the centroid of the crystal ligand as the center of the grid. Docked ligands were treated flexibly while the kinase domain of receptor tyrosine kinase was held rigidly in the docking procedure. Flexible docking was performed using the standard precision mode. The number of poses per ligand was set to 10 in the post-docking minimization, and the best pose (with the lowest energy) was the output. The other parameters were kept at the default values.


protein Preparation Wizard , Glide 프로그램을 사용해보지 않아서 논문해석시에 이 두 프로그램 무엇을 위해 사용된지 정확하게 모르겠습니다.. Protein preparation wizard는 docking score를 측정하는데 사용되었고 glide는 밑의 그림처럼 3차원적 구조를 보기위해 사용된거라고 대충 생각을 했는데.. 이것에 대해서 맞는지 설명좀 부탁드릴게요..
#glide
 
#protein preparation wizard
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