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목적에 따라 다르고, 님이 뭘 보여주고 싶은가에 따라 다르죠.
1. Ct : 원래 큐피씨알에서 얻는 싸이클 쓰래시 홀드 값.
2. delta Ct : 한번 빼준 것 (상대적 비교를 한번만 한 값).
3. delta delta Ct : 두번 빼준 것 (상대적 비교를 두번한 값).
4. 2^(-delta delta Ct) : 폴드 채인지 (몇 배 차이 있는지 최종 비교치를 상대적으로 비교한것).
5. 1-4번 중 하나를 사용했는데, 로그까지 씌움 (와이 축)
델타든 씨티든 델타델타든, 님은 큐피씨알을 하고 있어요. 전기영동으로 젤을 보여주는 것과 본질적으로 같은 일을하고 있지만, "수치"로 비교할 수 있어서 더 정확하다고 간주되는 일을 하는 것입니다.
1번에 가까울 수록 "젤로 하여 보여주는 전통적 알티피씨알"과 비슷해지는 것이고,
4번에 가까울 수록 "젤로 보여주지 못하는 이상의 값을 수치적으로 보여주는 것입니다.
"로그"를 씌웠다는 것은, "내 데이터는 상대적으로 비교해 보아도 그 차이가 너무 확연히 달라서, 로그 스케일에서 조차 분명하게 차이가 드러나는, 어마어마한 "낮과 밤" "흑과 백"의 차이를 보여줄 자신이 있어. 그래서 로그 스케일로 보여준다 (고 자랑/과시한다고 생각하면 됨).
2번의 경우를 "Cp" method라고 함. 두번 빼지 않고 한번만 빼서 hkg에 비해 어떻다는 정도만 알려주는 방식임. 이것은 전통적 젤로 보여주는 것에 가까우면서도 "수치"화할 수 있다는 장점을 살린 것.
3,4 번은 패플 (Pfaffle)이 제안한 논문에 가장가까운, 널리 쓰이는 방식이나, 몇 몇의 연구자는 "과장되고 숨기는 정보가 잇다"고 하여 잘 쓰지 않는 경우가 있음.
결론: 로그까지 씌웠으면 정말 "내 데이터는 어마어마하다. 그 차이가 명확하다"는 것을 암시. 1-4번의 선택은 님의 진오브 인터레스트가 하우스 키핑 진에 비해 얼마나 발현정도가 비슷하냐 다르냐에 따라 달리 선택할 수 있겠음.
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레벨4
arimari
(대학생)
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18.09.17 11:30
BU님 답변 정말 감사합니다!!! 너무 도움 많이 되었어요
혹시 delta 정량법에서 reference RNA / control RNA의 사용에 대해서는
조언해주실만한게 없나요? ㅜㅜ