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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 PCR후 agarose gel loading질문드려요
알hddball(일반인)  | 2018.08.03 14:02
upload imageupload image

PCR을 한후  gel loading을 하였습니다.

3개월전 같은 DNA를 가지고 PCR을 해서 agarose gel loading 했었습니다.
(1번 그림)

그 후 최근에 교수님께서 한번 더 똑같은 DNA를 가지고 한번더 반복 실험 해보자고 하셔서

똑같이 PCR 후 gel loading 하였습니다.(2번 그림)

최근에 로딩한 그림을 보면 밴드가 이상하게 나오는데 뭐가 문제일까요?

DNA가 이상해진 걸까요?

아니면 프라이머가 이상해진 걸까요?

저런식으로 그림 나온 적이 없어서 조금 당황스럽습니다.

혹시 아시는 분 계시다면 답변 부탁드립니다.


#PCR
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리절대교주  |  2018.08.04   
왼쪽 그림의 마커도 이상한 것으로 보이네요...

일단 젤에 문제가 있어 보입니다.

다음의 것들을 체크해 주세요.

1. 1X TEA 버퍼에 아가로오즈를 녹였는가?
2. 보일링시 완벽하게 녹인것이 확실한가?
3. 틀에 붓고 완전히 굳을때 까지 기다린 것인 확실한가?

그래도 그러면 PCR이 문제인데, 글쎄요 입니다.

일단 물을 바꿔보시길 바라고 컨탐의 가능성이 있었던 것이 있으면 체크 바래요.
제가 옆에서 본것이 아니기 때문에 정확히는 모르겠네요.
꽃개구리Applied_Microbe  |  2018.08.04   
Template DNA손상이나 PCR mixture 오염일거 같네요
PCR mixture 를 새거로 해보시고 (primer 까지) 동일하면 template 보관상 문제일것같네요 (너무 일률적이어서 mixture문제일것 같습니다만)
알ThomasAquinas  |  2018.08.06   
답변은 아니지만, 첫번째 젤 사진의 well에 하얀 부분은 뭔가요? DNA가 러닝이 안된건가요
개구리이스  |  2018.08.06   

아래쪽 사진에서 가자 오른쪽 샘플을 보면, 윗쪽 사진과 비교해서 봤을 때 정상적인 size에서 PCR product가 보이는 것 같군요.
DNA ladder 자체가 몇 bp인지 확실하게 구분되지 않아 사진간의 PCR product size가 똑같은지는 모르겠지만.....

만약 size가 동일하다고 한다면, 아래쪽 사진에서 보이는 PCR reaction은 DNA, 즉 template 가 문제일 가능성이 가장 커 보이네요.
PCR reaction 자체에는, 즉 PCR mixture 와 primer, PCR machine, DNA eletrophoresis에는  문제가 없다라는 것을 가장 오른쪽 샘플이 보여주기 때문이죠.
하지만, DNA ladder가 정상적으로 bp 구분되지 않는 것은 Gel % 또는 버퍼에 문제가 있어 보입니다.

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