아무래도 회수하고 하시는 편이 더 좋을 듯 싶습니다.

회수없이 바로 제한효소 처리하면 해보시면 아시겠지만 효율이 꽤 떨어질겁니다.

시간 있으시면 한번 테스트 해보시고요

"Restriction enzyme처리시 PCR product를 꼭 purification하야하나요?? "

==> 하시는게 좋습니다. 만약에 PCR template가 님의 restriction enzyme에 의해 어딘가 짤려서, intert와 같은 크기가 된다면 어떻게 하실건가요..??


"purification을 하지않고 Restriction enzyme을 처리하게 되면
Restriction enzyme의 효율이 많이 떨어지는지요?"

==> 어떤 Restriction enzyme에 따라 다릅니다. 가령 EcoRI처럼 어느 buffer나 잘 짤리는 경우 상관없습니다.


** 하지만 역시 PCR후 정제, restriction후 정제, 그리고 ligation이 정석입니다..

PCR 과 restriction cutting은 buffer조성이 완전히 다릅니다. PCR의 양이 많아 최소 1/10 정도 dilution하여 cutting을 한다면 몰라도 그냥 자르면 여러가지 예측못한 문제들이 생길겁니다.

실험을 해나가면서 수율이 줄어드는 것은 어쩔 수 없습니다. 중요한 것은 얼마나 최적의 조건에서 실험이 진행되느냐의 문제입니다.

실험을 하다보면 간과해버려도 상관없는 과정이 있습니다만, 질문하신 과정은 아주 중요한 과정입니다.