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질문 CRISPR-KO 된 gene의 frequency를 알기위해 Amplicon을 NGS돌려볼까 하는데 비용, 시간등이 궁금합니다.
알lucanus(대학원생)  | 2018.06.28 15:56
첨부파일 파일첨부: 캡처2.JPG (164 KB)
이미지 첨부파일
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124715002624
이 논문(figure1) 에 나온대로 NGS를 돌려 알1개당 KO, KI된 셀들의 빈도를 알고싶습니다.
(특정 stage별 모기알에 CAS9 RNP를 injection후 KO, KI의 효율을 파악한다고 보시면 됩니다.)

제가 NGS를 해본적이 없어서 눈으로 보기엔 시퀀싱 어댑터와 index를 붙여서 PCR을 하고 샘플당1만번 Read (150base 면 1.5Mb) NGS를 돌리고 Allele들의 frequency를 본다....라는 비용도 얼마 안하고 간단한 실험으로 보이는데요;; 

이걸 실제로 하게되면 얼마나 어렵고 자잘한 스텝이 추가되는지, 위 논문에서 샘플당 70$ 수준으로 가능하다는데 이것이 한국에서도 적용가능한 가격대인지 알고싶습니다. (연구비를 거의 소진한 프로젝트라서요 ㅠ)

저와 비슷한 NGS의뢰를 해보신 선배님들이나 NGS 영업하시는 분들께서는 조금만이라도 정보를 공유해 주시면 너무너무 감사하겠습니다ㅠ (업체소개도 환영입니다.)

논문접속이 어려우신분들을 위해 해당 논문의 핵심부분을 크롭해서 첨부합니다.

읽어주셔서 감사합니다.
#NGS
 
#Amplicon
 
#CRISPR
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
알lucanus  |  2018.07.05   
셀프해결 했습니다.ㅎ
library 제작비용이 따로 안들기때문에 정말로 저가격에 저렇게 할 수 있는것 같습니다. ㅎ
알khh2202  |  2019.02.07   

안녕하세요 amplicon NGS 관련하여 고민중인 학생입니다. 저도 작성자 분과 비슷하게 cell에서 특정 유전자의 KO의 빈도를 알고자 하는데, 저런 서비스를 제공하는 업체를 따로 찾으신 것인지 혹시 작성자 님께서는 어떻게 해결하였는지 여쭙고 싶습니다. 감사합니다.

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