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질문 4% agarose gel 및 이미지 측정
알lemonyooso(대학원생)  |  2018.06.05 19:56
안녕하세요, gel retardation 실험을 위해 agarose gel을 만들고 있는데 어려움을 겪고 있어 조언을 구하고자 글을 남깁니다.

4% agarose gel을 TBE (0.5X) buffer를 이용하여 만들고 있습니다.
전자렌지 2분 돌리고 바로 틀에 부어주는데 %가 높아서 그런지 금방 굳으면서 겉 표면이 울퉁불퉁한게 눈으로 보입니다. 어떻게 해야 맨들맨들한 gel을 만들 수 있을까요?

그리고 전기영동 후 chemidoc으로 2D gel image를 얻고 있습니다. 
그런데, 이미지 자체가 아래와 같이 전체적으로 밝게 보이고, 같이 넣어준 Loading dye가 진하게 보입니다. (loading dye는 6X를 1X가 되게 만들어 사용, staining은 SYBR green 사용)
밝기 조절을 해봐도 좋은 이미지를 얻을 수 없었습니다.
이에 대해 해결 가능한 방안에 대해 알고 계시면 조언 부탁드립니다.
읽어주셔서 감사드립니다.
 
upload image
#gel
 
#image
 
#loading dye
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개구리Lacticacid  |  2018.06.06   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.
4%까진 써보진 않았지만, 딱 2분 돌렸을때 다 잘 녹았나요? 제 실험실에서 쓰는 전자렌지는 와트가 낮아서인지 2%젤도 4-5분정도 걸립니다. 조금 증발되는 것을 고려해서 버퍼를 10% 더 넣고 만들기도 하더군요. 아 그리고 4%정도면 녹이고 바로 붓지 마시고, 기포가 많이 남아 있다면 조금 기다렸다가 부어보세요. 점도가 높을 수록 기포의 상승속도가 비례해서 느려지거든요.

잘 녹았는지 확인 후 부우시고, 저 기러기 밴드는 종종 시료 로딩할때 well에 버블이 끼면 저럴 수도 있습니다. 버퍼를 젤이 살짝 잠기게 넣으시고 버블이 있는지도 보시는 것도 좋습니다.

어디는 보고서용 그림만들때는, 전기영동시 낮은 전압에서 천천히 내리는 곳도 있다고 하더군요.


알lemonyooso  |  2018.06.11   
답변 감사드립니다 ^^

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