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질문 식물 QTL mapping 에 관해서 궁금합니다!
알쩡니쩡(대학생)  |  2018.02.21 13:31
 안녕하세요

저는 작물에서 QTL 맵핑을 공부하고 있는 학생입니다.

이에 관련해서 몇 가지 궁금한 점이 있어서 이렇게 질문을 올립니다

QTL 맵핑을 할때, 요즘은 GBS나 다른 NGS 시퀀싱을 이용해서 많이들 하시지 않습니까? 
 이게 문헌적으로는 알겠는데, 실질적인 방법론 적으로 궁금합니다. 
    1) 부모를 시퀀싱해서 두개의 차이나는 SNP를 다른 마커로 확인하는 경우와 F2 까지 시퀀싱을 해서
       QTL을 찾는 경우가 있던데 어느것이 더 일반적으로 많이 사용되는지 궁금합니다. 
    
    2) 많은수의 마커를 이용하여 마커테스트를 한 후 QTL을 찾을 때, 마커는 집단마다 새로 만들어서
      실험을 하시는지, 혹은 하나의 집단에서 만들어진 마커들을 여러 다른 집단에 적용하여 사용하는
      지 궁금합니다.

다들 바쁘시지만 많은 분들의 도움 부탁드리겠습니다.

#QTL 맵핑
 
#GBS
 
#NGS
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리유전학도^^v  |  2018.02.23   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.
 제가 아는 수준에서 답변 드립니다.

우선 GBS와 NGS를 사용한 whole genome sequencing의 차이인데요,
GBS는 restriction enzyme digestion 후 adaptor를 붙여 사용하다보니 전체 genome을 cover하지 못합니다.
물론 whole genome sequencing을 하더라도 gap은 생기지만 이것보다 빈도나 범위가 훨씬 큽니다.

1) 부모를 시퀀싱해서 두개의 차이나는 SNP를 다른 마커로 확인하는 경우와 F2 까지 시퀀싱을 해서 QTL을 찾는 경우가 있던데 어느것이 더 일반적으로 많이 사용되는지 궁금합니다. 
>> 실험 목적에 따라 다를 거라 생각합니다. SNP가 QTL에 직접적인 영향을 미치는지 알기는 매우 어렵다고 봅니다. 게다가 부모 간의 유사성이 매우 높다고 해도, 실제 SNP으로 작동할 수 있는 부분은 수만에서 수십만 개가 될 것 같습니다. F2까지 만들어서 sequencing 하는 경우에는 genetic mapping을 목적으로 할 때가 더 맞지 싶습니다. 이후에 마커를 선별하더라도 특정 SNP과 marker가 link되어 있는지 확인하려면, 수 세대 이후 recombination이 그 둘 사이에서 일어나지 않는다는 것을 실험적으로 확인해야 할 겁니다. 그리고 여러 세대를 거치면서 introgression된 DNA fragment를 최대한 작게 만들어야 introgression된 fragment 내에 있는 SNP이 phenotype에 영향을 주는지 판별하기 쉬울 겁니다.  F2를 만들면 genotype과 phenotype 간의 비교가 가능할테니 보다 정확한 결과를 얻을 수 있습니다. GBS를 사용하는 경우는 phenotyping이 되어 있어 해당 phenotype이 genotype과 일치하는지 볼 때 입니다.
    
2) 많은수의 마커를 이용하여 마커테스트를 한 후 QTL을 찾을 때, 마커는 집단마다 새로 만들어서  실험을 하시는지, 혹은 하나의 집단에서 만들어진 마커들을 여러 다른 집단에 적용하여 사용하는
지 궁금합니다.
>> 마커를 만드는 건 매우 힘들다고 합니다. 시간도 돈도 노동력도 상당히 소모적이라고 하네요. 모델 종의 여러 계통에 대해 primer를 디자인해서 직접 PCR을 해 봐야할테니 그렇겠죠. 진화 계통 상 근연관계에 있을 경우에는 다른 종에 대한 마커들을 그대로 사용하는 경우도 있습니다. 물론 성공확률은 낮겠지만요. 요즘엔 reference genome이 공개되어 있는 경우에 genome 간의 유사성을 판단할 수 있으니 보다 쉬울 것이라 생각합니다. 유사성이 높으면 다른 집단의 marker를 실험하고자 하는 집단에 적용할 수 있을 겁니다.

질문에 도움이 됐는지 모르겠네요.
잘못된 내용은 피드백 부탁 드립니다.
참고하세요.
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