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질문 NGS read 질문드립니다.
알NoviceBio(대학원생)  | 2018.01.21 02:42
 안녕하세요 생물공학 전공 대학원생입니다.
다름이 아니라 간단한 질문일 수도 있는데 문득 궁금해서 여쭤봅니다.
NGS Read를 읽을 때 library target fragmentation을 400bp로 하는데 Illumina read를 75cycle high throughput으로 sequencing을 하게되면 양쪽 합쳐서 75bp를 제외한 읽히지 않는 325bp는 어떻게 처리가 되나요..? 간단하게 생각해봤을는 다 읽는게 유리하지 않나 싶은데요.. 중간에 읽히지 않는 read들은 reference에 대해서 다른 read들로 sequencing data에 의존하는 건지 궁금합니다.. target size를 다 읽지 않는 이유도 궁금하구요.. 혹시 가격 + sequencer의 quality 때문에 양쪽으로 짧게 읽는건지.. 
알려주시면 감사하겠습니다.
#NGS
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
지나가다  |  2018.01.21    
 우선 400 bp를 다 읽지 않는 것은 sequencing 가격과 그 만큼 읽을 수 있는 기기가 없기 때문인 것으로 알고 있습니다. 물론 말단 quality가 낮아지는 문제도 있구요.
양쪽으로 읽으면 paired-end (PE) sequencing 으로 앞쪽으로 75 base, 뒤쪽으로 75 base 를 읽게됩니다. 그런데 그 앞쪽 read 75 base와 뒤쪽 read 75 base는 400 bp길이의 한개 fragment에서 온 서열이므로 75 base - 250 base - 75 base 식으로 앞쪽 read와 뒤쪽 read 항상 서로 같이 250 base 간격을 두고 있게 됩니다. reference 서열에 mapping하거나 de novo assemby를 할 때도, 두 read 들은 250 base 정도의 간격을 두고 함께 존재하게 됩니다 (존재하도록 mapping되어야 합니다).
읽혀지지 않은 250 base는 다른 PE read 들의 서열 정보를 이용해서 채워줄 수 있습니다.
https://www.google.co.kr/search?q=ngs+paired+end&newwindow=1&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ved=0ahUKEwiR_ZnggOnYAhXFFZQKHUoJAasQ_AUICigB&biw=1019&bih=598


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