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레벨6
Kozmoj
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17.12.15 10:52
pcr product 를 sequencing 의뢰한다는 얘기인가요?
정제 안된 pcr product 에 뭐가 들어있을지 생각해 본다면 대충 답이 나올 것 같습니다.
DNA 염기서열에 영향을 줄만한 것은
template DNA, f-primer, r-primer, 그리고 PCR product.
Sequencing 할 때는 한 쪽으로 읽으니까 이 네 가지 DNA 가 동시에 읽혀야 하겠네요.
그런데 sequencing primer 가 붙는 DNA 만 읽힐테니까 나머지는 impurity DNA 정도로 인식되겠네요.
이런 문제는 문제가 되기는 하지만, PCR product 의 농도가 높으면 어느 정도 cover 될 것 같기는 하네요. 대신 sequencing 결과 앞 부분을 못 건질 수도 있습니다. 운 나쁘면 non-specific PCR 이 되어 sequencing 결과가 엉망이 될 수도 있구요.
그 다음 생각해 볼 문제는 PCR mixture 에 있는 물질들.
여러 chemicals 이 들어있어 이 chemicals 은 sequencing PCR 에 영향을 미칠 수 있습니다.
얼마나 희석하여 얼마나 보낼지 모르지만, sequencing 결과에 영향을 줄 것 같네요.
한 번도 정제되지 않은 PCR product 를 sequencing 보내 본 적이 없어 실제로 어떨지는 모르지만,
얼핏 생각해 보면 위의 이유로 결과가 그리 좋지 않을 것 같습니다.
혹시 결과 오면 어땠는지 이 곳에 같이 공유해 주실 수 있나요?