처음에는 DNA 양을 말씀하시고,
그 다음에는 농도만 말씀하시는군요.
그래서야 DNA 양이 줄었는지 늘었는지 알지 못합니다.

DNA cut을 하면 nonspecific DNase가 오염된게 아닌 이상 DNA 양이 줄지 않습니다.
아마 clean up할때 DNA를 날렸겠죠.
그래봐야 보통 한 10% 정도 날리기는 합니다만.....

Clean up 과정에서 loss가 있는것은 맞는것 같은데,
실험자께서 모든 공정을 문제 없이 진행했다는 전제 하에 
(예를들면 elution시 DNA와 solution(물이나 elution buffer)의 반응시간을 2분이상 주었다던지..)

Enzyme cutting을 한뒤에 왜 농도를 재려고 하셨는지 궁금하네요.
이후에 Ligation을 하시려고 비율을 맞추려 한것이라 생각하겠습니다.
분명 좋은 방법은 아닙니다.

저 같은 경우는 nano drop을 100% 신뢰 하지 않습니다..
DNA가 linear하게 되어 있는 상태와 DNA 가 circular form이 되어있는 상태에서의 농도는 당연히 다르게 측정된다고 생각합니다.

예를들면 PCR을 한뒤에 DNA의 농도를 nano drop으로 측정해보세요.
이상하게 Agarose gel에서는 찐하게 나타나는 밴드가 농도를 재보면 이상한 25ng/uL등 낮게 나타납니다.

DNA work을 잘하시는 분들은 nano drop을 사용하지 않고 Gel을 내려서 확인합니다.
Gel에서 보이는 밴드의 세기에 따라서 농도를 판단하는 것이죠(물론 DNA size에 따른 밴드의 세기도 고려해야합니다.)

정 의심이 가신다면 같은 Volume으로(농도가 아니라) Enzyme 처리하기 전 후 Clean up 후 를 내려보세요. 갈수록 어느정도 loss가 일어나는지 알수 있습니다.