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메뉴얼 방식의 경우엔 Phase saperation후에 상층액을 따는데
사실 사람손으로 중간층이 섞이지 않게 맑은 층만 따는게 거의 불가능하죠. 중간층이 섞이면 순도가 낮아지고 윗부분만 따자니 샘플 손실이 있고
그럴때 추천해 드릴만한 제품은 트리졸에서 층분리과정없이 샘플을 다 Column에 binding시키는 제품도 있으니 참고해 보세요.
Directzol RNA prep kit (https://www.zymoresearch.com/rna/direct-zol)
샘플 적은경우에 microprep kit사용하면 될겁니다
조직의 상태가 나빠져서 RNA 영향에 주는건 아닐것으로 보입니다.
260은 핵산 280은 단백질 230은 페놀을 뜻하는데
260/280은 핵산/단백질 비율을 보여주는 것으로 RNA prep시 단백질이 같이 딸려나와서 그런거에요.
260/280혹은 260/230 ratio가 너무 낮으면 Ethanol prep을 해보시는 걸 추천드립니다. ethanol precipitation하면서 다른 불순물들이 제거돼 순도 높은 RNA뽑으실수 있습니다.
EtOH prep을 대략 설명하면
x ul의 RNA가 있으면 거기에 2.5volume의 100% EtOH, 0.1volume의 3M NaOAc(pH는 찾아보세요)를 넣고 vortex한 후에 -20C에서 at least 1시간 놔둡니다. 그 후 11000g에서 30분 centrifuge하고 70% EtOH로 washing 한 후 DW에 resuspend하면 됩니다.