안녕하세요, RNA extraction을 한 뒤에 mRNA isolation을 하려는 초보 연구자 입니다. 현재 실험실에서 다양한 kit (Thermo Dynabead, NEB, Bioo)를 이용하여 제공된 프로토콜에 따라 mRNA를 isolation을 시도하였는데, Bioanalyzer에서 rRNA contamination을 측정하면 항상 10%를 넘더라구요 ㅠ 저희가 해본 여러가지 시도는 아래와 같습니다. (Oligo dT magnetic bead를 이용하여 잡아당기는 방법입니다)
1. Wash 횟수를 프로토콜 보다 많은 횟수로 하기 2. bead regeneration을 기재된 횟수보다 많이 하기 (2회를 3회로) 3. 초기 RNA 농도를 2ng/ul에서 5ng/ul로 늘리기
모두 다 실패하여 여기에 질문을 올립니다. 혹시 다른 분들께서는 정해진 프로토콜 외에 따로 하시는 step이 있는지요? 아니면 주의해야 될 부분이 있는지 궁금합니다. 답변에 도움이 될까 싶어서 사진을 첨부합니다. (Bioanalyzer)
감사합니다.
Total RNA pick 입니다. Xenopus laevis (개구리) colon에서 뽑은 RNA입니다.
키트를 이용하여 isolation한 mRNA 결과 pick입니다. 중간에 보이는 2개의 픽이 rRNA입니다.
첫번째 그림은 HEK293T에서 추출한 RNA이며 두번째 그림은 kit를 이용하여 isolation한 mRNA입니다. 여전히 rRNA contamination이 된 것을 확인할 수 있습니다.