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전직 어레이 서비스 회사에 근무했었습니다.
우선 비용이 많이 들기때문에 조심 조심하시는데 충분히 잘 준비하고 계신것 같습니다.
너무 걱정하지 마세요.
1.DEPC water와 Rnase free water는 차이가 있는것인지 보통 depc water라 함은 depc를 처리하고 autocleave를 돌려서 depc를 제거한 물이 맞는지? Q사 키트에서 DEPC를 왜 못쓰게 하는지.. => 말씀하신 내용 모두 맞습니다. 가장 좋은 것은 아무것도 들어있지 않은 Pure water 이겠지요. DEPC treated water를 만들어보면 오토클레이 후에도 복숭아 냄새가 납니다. 완벽하게 제거되었다면 문제가 되지 않을것 같구요. 시중에 RNA/DNAse free water 구매해서 사용하셔도 됩니다.
2.RNA를 Q사 키트를 이요해서 추출을 하였는데 RNA ratio가 2.2에 가까운데 문제가 안되는지.일반 agarose gel에 짧게 내린 RNA그림을 한번 봐주세요.=> Microarray를 돌리기 전에 Bioanalyzer 라는 장비로 밴드를 봅니다. 이결과를 바탕으로 실험전에 QC를 진행하니 걱정하지 마세요. Ratio의 경우 2.4 이상이 되면 한번쯤 의심해보시는 것을 추천합니다. 대부분의 경우에는 농도가 너무 높아서 그런경우라서 희석해서 다시 정량해보면 2.4 밑으로 떨어집니다.
3.micro array시 RNA에서 cDNA합성시 양이 너무 많거나 적으면 문제가 될것 같은데 혹시 어느정도로 하는지 아시는 분이 계시면 감사하겠습니다..=> RNA양은 보통은 1 ug이상이면 충분하나 이하일 경우 업체와 논의하여 대응 가능합니다.
실험보다는 분석이 더 중요합니다. 어레이 실험은 업체에 맞겨서 진행하는 것 이시죠? 여러가지 DB를 활용하는 방법부터 데이터 분석에대한 자료들에대하여 공부하시면 좋겠습니다. 대부분의 업체에서 분석결과를 만족스럽게 제공하지 못하고 있고 한계가 있기때문에 연구자가 입맞에 맞게 분석하는 것이 가장 좋은 것 같습니다.
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레벨4
genom
(대학원생)
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17.08.24 15:46
티거님 답변 감사합니다.
이번 실험은 제가 진행을 하게 될것 같습니다. 제가 micro array만 진행해주고 (여기서 보려는 pathway가 저희랩에서 주로 하는 pathway라 옆방 교수님께서 저희방에 맡기시는 것 같습니다.)
다만 실험의 대한 data해석은 그쪽 방에서 진행을 할듯합니다. 그방 교수님말로는 안나올수도 있다고 꼭 나올필요는 없다고 하시는데 말씀하신것처럼 비용이 크기 때문에 좀더 조심스럽게 진행을 하고 있습니다.
답변 주신것 정말 감사 드립니다 ㅎㅎ 추가로
1ug의 RNA만 있으면 된다고 하셧는데 Q사의 키트를 보게 되면 1ug을 자기들의 cDNA합성 키트인
RT^2 First strand kit로 제작시 토탈 볼륨이 20ul가 됩니다. 그후에 micro array 진행시 추가로 91ul의 Rnase-free water를 넣으라고 되어있는데 이렇게 되면 약 5분의 1로 희석이 되는데 이래도 상관이 없을지 궁금합니다..
정확한 프로토콜의 내용이 필요할것 같은데요. 현재 상황에 맞게 변환시키거나 해서 대응하면 될것 같습니다.
1 ug 이상 뽑으시면 문제 없으니 크게 걱정마세요 ^^
그런데 말씀하신 내용중에 특정 Pathway를 보려고 하는 것 같은데 그렇다면 Q사에서 판매하는 PCR array라는 제품도 있습니다. 검토해보시면 좋을 것 같네요.