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두 종류의 PCR 을 하셔서 합치시는게 좋을 듯 합니다.
즉 B domain 은 제대로 된 primer 와 accuracy 가 높은 polymerase 를 이용하여 PCR 하고 A domain 은 accuracy 가 낮은 (random PCR) 용 polymerase 로 PCR 을 하신 뒤 ligation 이든 gibson assembly 든, golden gate PCR 이든 두개를 합쳐서 완전한 gene 을 만들면 A domain 에만 random mutation 이 일어난 gene 을 얻을 수 있을거라 판단 됩니다.