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gDNA degradation입니다.
LMT agarose plug을 만든 다음에 보통 0.5M EDTA에 넣어서 보관합니다.
그래야 DNase를 막을 수 있거든요.
그런데 세균에 따라서 EDTA에 보관해도 시간이 지나면 저렇게 degradation되는 경우가 있습니다.
또 어떤 세균은 plug을 0.01mM EDTA에 보관했는데 1년 정도 지나도 전혀 손상받지 않기도 합니다.
다시 말하면 세균에 따라서 plug을 다 만든 다음까지 metal-DNase activity가 살지 죽을지는 다르다는 거지요.
이런 경우, plug 만드는 초반에 DNAse activity를 완전히 없애는 과정에 신경 써야합니다.
Cell과 녹인 LMT agarose를 섞은 다음 detergent랑 RNase 처리하고 나서 0.5M EDTA에서 proteinase K 처리하죠?
그걸 washing 한 후에 proteinase K를 한 번 더 처리해주세요.
그러면 degradation이 훨씬 덜합니다.
Vibrio는 전남대 의대 미생물학교실에서 PFGE 분석을 많이 했었죠.
불리피쿠스이긴 합니다만, 거기 전화해서 상의를 좀 해 보시죠.
아마 좋은 정보를 줄겁니다.