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레벨5
Marine
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17.05.11 20:27
무엇을 전기영동 하신거죠?
Total RNA 를 전기영동 하신건가요??
RNA가 깨지면 쭈욱 늘어지는 smear한 밴드가 나오기 마련인데
와 이렇게 나오는 경우는 저도 처음보네요...
전부다 사이즈도 비슷한데...
Size marker 를 잘못거신거 아닐까요....??
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레벨5
Marine
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17.05.15 21:17
다시 보니까
Size marker 즉 Ladder 를 Loading dye 로 착각하시고 전기영동 하신거 같네요..
아니면 RNA가 깨졌다고 해서 이렇게 나올 수가 없을거같아요...
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레벨1
루시에르
(대학생)
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17.05.19 16:05
네 total RNA입니다! 28S 18S 5S 세개로 나와야 할 밴드가 저 모양이라 머리가 너무 아프네요 ㅠㅠ
저도 혹시나 ladder 썼나 싶어서 시약들 다 체크해봤는데 dye로 loading star를 사용했어요 ㅠㅠ
다른 대학원생도 분주해놓은 dye 중 저와 똑같은 넘버의 dye를 사용했구요... (결과는 좋았어요)
그래서 실험실의 모든 사람들이 현재 멘붕상태에요... 허허
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specific
(비회원)
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17.05.20 05:47
RT-PCR of _____ gene? (base pair size = ?)
밴드가 1개만 나와야죠. 여러개 나온다는 것은
1) there is no specificity
2) Not clear which band your target amplicon should be located.
3) In real time RT-PCR, there is "Melt curve analysis" option. Please do that. IF there is only one single peak in melt curve, your pcr reaction is specific enough and there is no primer-dimer problem. If not, your PCR reaction is problematic.
Overall: your electrophoresis gel displayed that there are multiple non-specific bands. Your rt-pcr was not performed as desired or as expected in usual setting.
Prediction: why problematic?
1. Your RNA quality is bad? Which method did you use? Trizol/qiazol based or not?
2. Your primer is not good (for example, you are using a primer designed for genomic DNA/genotyping purpose, when your aim was to assay mRNA expression using RNA.
3. Please explain - which gene, which exon, which part of the region you are sensing using which forward and backward primer?
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레벨5
Marine
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17.05.21 16:15
This electrophoresis figure is not PCR product but total-RNAs...
허허 Size marker 인 줄 알았는데 그게 아니라면 정말 귀신이 곡할 노릇이네요..;;
이렇게 일정하게 ladding 이 되는건 처음 봅니다.