template DNA, E. coli RNAP, rNTP를 넣어서 20 min 정도 incubation(37도)한 이후에, Dnase, Proteinase K를 처리하였습니다. 이후에 formamide를 넣고 10 min 정도 incubation(95도)한 이후에 9% PAGE(8M urea) gel에서 내렸습니다.
A의 경우에는 rNTP 중에서 U가 빠진 경우이기 때문에 elongation이 일어나지 않는 반면, B~C의 경우에는 rNTP를 모두 넣어준 경우이기 때문에 elongation이 일어납니다. 그래서 현재 smear하게 나온 것이 transcript일 가능성이 있다고 보고 있습니다. - 물론 다른 요인도 배제하지 못합니다.