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Phage display에서 DNA purification |
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 졸업은언제하나(대학원생) | 2017.03.29 20:25 |
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안녕하세요.
문의드릴게 있습니다.
NEB에서 판매하는 phage display kit로 실험을 진행하고 있습니다.
M13 파지에서 DNA purification을 해서 DNA 시퀀싱 의뢰를 보내는데,
항상 있는 문제가 DNA 샘플의 농도와 purity가 너무 낮아서 서열을 읽지 못한다는 점입니다.
제가 NEB에 이러한 부분을 문의했을때에는
메뉴얼속 DNA purification 방법은 시퀀싱 서비스 의뢰에는 적합하지 않아서 잘 모르겠다는 식으로 말하더군요.
그래서 이번에 DNA 샘플을 의뢰할때에 PCR이나 gel purification을 부탁했었는데요,
업체에서 하는말이
plasmid sSDNA라서 PCR이 불가능하다라는 말이었습니다.
그래서 이번에도 의뢰한 샘플의 대부분을 제대로 읽지 못하였구요,
혹시 다른 방법으로 파지의 DNA를 뽑는 방법이 없을까요?
아니라면 제가 DNA를 뽑아서 증폭이나 정제를 한 후 시퀀싱 의뢰를 할 수 있는 방법을 부탁드리고자 합니다.
잘부탁드립니다!
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#Phage display #DNA purification #plasmid DNA |
답변하기 |
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본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다. |
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 안암로터리 | 2017.03.30
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어느 업체에 sequencing을 맡기셨는지 모르겠지만, 농도와 purity가 낮아서 안된다는 말이 참 웃기네요. 게다가 ssDNA라 PCR이 안된다니...만약 농도가 낮다면 더 많은 양의 phage를 얻어서 DNA prep을 하시면 될 거 같습니다. 또한, 문제가 되고 있는 purity는 orgarnic extraction, 즉 phenol을 이용하여 단백질을 제거하고 DNA를 다시 녹이는 과정을 통해 purity를 향상시킬 수 있습니다. |
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졸업은언제하나 | 2017.03.31
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아 Phenol을 몰랐는데 감사합니다!
말씀해주신 방법을 통해서 다른 방법으로 Phage DNA를 뽑아보도록 하겠습니다.
감사합니다!!^.^ |
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안암로터리 | 2017.03.31
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네. 확실히 purity는 올라가는데 문제는 loss가 좀 있습니다. 때문에 양이 매우 적을 경우에는 숙련된 스킬이 필요합니다. 그것이 어려울 경우 EtOH과 NaOAc를 넣고 오랫동안 centrifugation하세요. 저는 DNA 혹은 RNA 양이 매우 적을 경우, 30분 (13000rpm)간 돌리기도 합니다. |
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