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DNA와는 달리 RNA는 고온에서 끓이면 조각조각 파괴됩니다.
그래서 60도시 정도에서 denaturation시킵니다.
끓인 샘플을 바로 loading하지 못하므로 잠깐 얼음에서 식히는데 RNA 샘플 buffer에는 formamide와 formaldehyde 등의 denaturant가 들어있어서 얼음에 잠깐 보관해도 denaturation된 상태를 유지합니다.
보통은 18S 가 많이 남고 28S가 많이 파괴되는 양상을 보입니다.
남은 밴드가 18S 가 아닌지 확인해 보세요.