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일반적으로 하나의 프라이머로 시퀀싱 진행시 의뢰한 샘플에 문제가 없을 경우 700~800bp까지는 깨끗한 peak을 확인 할 수 있습니다. (700~800bp 뒷부분부터는 peak의 높이가 낮아지거나 잡다한 peak을 확인할 가능성이 높아지기 때문에 정밀도가 떨어진다고 봅니다.)
그리고 말씀하신 것처럼 primer binding 되는 앞부분의 경우 대략 70bp 까지는 약간의 지저분한 peak이 보일 수도 있습니다.
그런데 님의 경우 product size가 200bp 밖에 되지 않고, 4개의 위치 외에 앞뒤 부분의 경우 peak이 깨끗하게 나오고 있습니다. 이경우는 Product의 뒷부분이라서 정밀도가 떨어진다고 보기 보다는 의뢰한 샘플 내에 여러 타입의 PCR Product가 있다고 볼 가능성이 더 큽니다.
만약 깨끗한 결과를 원하신다면 cloning 진행 후 시퀀싱 진행하신다면 정확하게 그 위치에 어떤 타입의 시퀀스가 있는지 깨끗하게 보실수가 있습니다.
다음에 진행될 실험이나 분석이 어떤것인지 몰라 무시해도 될지에 대해선 답변 드리기가 어렵네요.
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레벨5
Kmi
(대학생)
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17.03.19 17:46
나비님 답변 감사합니다 !!
타겟 단백질 서열에 SNP가 있는지를 확인하고 있는
실험을 하고 있습니다. 질문에 올린 사진은 Reverse구요
Forward쪽에서는 겹쳐있지 않아서 확인이 안되었거든요..
저 부분에 대해 다시 프라이머 작성하고 PCR 돌려보아야
겠습니다.
평안하신 주말에 귀한 시간 내어주셔서 정말 감사합니다.
즐거운 주말 보내세요!