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한 염기부위에 다른 peak이 동시에 겹쳐서 뜨지 않으므로 GCTGGCTACG로 봐도 무방할것 같습니다.
PCR product를 primer로 바로 읽으신건가요?
원래 시퀀싱 초반부는 잘 안 읽혀요.
그래서 T-vector 같은거에 실어서 universal primer로 읽는게 깔끔합니다.