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질문 RNA 분석용 샘플을 원심분리 할시 degradation 많이 될까요?
알shjang  |  2017.02.28 17:21
RNA-seq 분석을 하고자 하는데, 수중 미생물이라, x 2500 g 이상에서 10분 단위로 X10번. 그러니까 100분 이상 원심분리를 돌려 펠렛샘플로 수확을 해야하는 상황입니다.

이때, RNA 샘플의 경우, 분석에 치명적일 만큼 degradation 영향을 줄까요?

이와 같은 방법으로 세포 수확 후, RNA extraction을 하면 RIN값이 5부근으로 낮게 나와서요..

이 RIN값이라는게 샘플 종류에 따라 또 달라지는건지... 일반적으로 7 이상은 나와야 좋은상태라고 하던데.

질문드립니다..!
#RNA degradation
 
#RNA extraction
 
#RNA-seq
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리Marine  |  2017.03.01   
실험 진행 하실 때 4도씨를 지속적으로 유지 해 주시고 계신가요??
원심분리로 인해서 RNA가 degradation 되었다기보다,
세포가 pellet 상태로 100분이란 시간동안 Lysis 되지 않고 모여있다 보니까 RNA 가 깨져나간것이 아닐까요??

pellet 을 모으는 즉시 Trizol 에 넣는다거나
여러개로 나누어서 한번에 모으거나 해서 시간을 줄이시는것이 좋지 않을까 생각합니다.

개구리A'ANE  |  2017.03.02   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.
 RNA Degradation이 걱정되는경우 샘플 채취 단계부터 Stabilization solution을 쓰시는게 좋을듯 합니다.


(http://www.zymoresearch.com/components/dna-rna-shield-2x-concentrate)


상기 제품은 물과 같은 액체 샘플의 DNA/RNA Stabilizing solution이니까 참고하세요~
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