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질문 RNA-seq DEG 하는데, 실험군에서 소량의 다른 생물의 RNA가 존재한다면?
shjang  |  2017.02.14 20:41
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)

안녕하세요.. de novo RNA-seq으로 eukaryote 1종에 대한 DEG실험을 진행하려고 합니다.

그런데 실험 설계상, 실험군에서는 대조군과 같이 타겟으로하는 본 eukaryote 1종 이외에, 아주 소량의 또다른 eukaryote 1종의 RNA (세포는 100% 분해되고나서 1-2일이 지나 물속에 염기서열이 존재할 것으로 예상)가 존재할 것으로 예상되는데요.

이 경우에, RNA-sequncing 후, assembly를 할때.. 소량이라도 영향을 줄 수 있을까요? 예를 들면, Illumina  assembly할때 잘못될 가능성이라던지.. 궁금합니다.

감사합니다!

#RNA-seq
 
#일루미나
 
#DEG
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
지나가다  |  2017.05.30    
영향을 줄 수도 있고 안 줄수도 있습니다.

그런데 그 영향을 확실하게 알긴 어려울 것 같고, alignment를 할 때 mismatch의 개수나, read 대비 mismatch의 비율 등을 조금 엄격하게 설정해서 false positive의 개수를 줄이실 수는 있을 듯 합니다.

만약 비슷한 실험 방법으로 진행된 선행 논문들이 있다면 그 논문들의 mapping rate과 비교해보세요.
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