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사진으로 볼때, linear DNA의 크기는 5kb 정도입니다.
정확한 크기는 agarose gel의 농도를 조금 낮게 해서 (0.8% 이하로) 다시 걸어서 확인하세요.
마커, cut, uncut 순서로요.
plasmid가 uncut일때는 여러개의 밴드가 나오지만 cut되면 명확한 (몇개의) 밴드만 나와야 정상입니다. 특히 cut된 밴드의 농도가 높으면 밴드의 윗부분이 마치 왕관의 장식처럼 위로 몽글몽글하게 올라가는 것이 보입니다. 님의 젤 사진엑서도 cut된 DNA 밴드가 uncut과는 확연히 다른 밴드 모양으로 보이죠?
cur된 5kb 근처의 밴드 말고 10kb 정도로 보이는 희미한 밴드는 genomic DNA로 보입니다.
plasmid를 뽑을때 좀 과격하게 뽑으면 genomic DN가 딸려나옵니다. 그것은 제한효소로 잘라도 잘 안없어지거나 전체 lane을 지저분하게 보이게 합니다.
supercoil form plasmid DNA의 크기는 linear DNA와 agarose gel에서 비교할 수 없습니다.
왜냐하면 agarose gel % 에 따라서 linear DNA와 cupercoil plasmid의 이동속도가 다르기 때문입니다. 물론 같은 크기여도 마찬가지 입니다.
사진에서 cut DNA의 크기가 supercoil DNA와 같은 크기처럼보이지만 그 supercoil DNA는 5kb가 아닙니다. 그저 그렇게 보이는 것 뿐이며 agarose gel의 농도가 달라지면 또 다른 크기로 보입니다. 그것은 uncut plasmid는 supercoil DNA 이며 마커는 linear DNA이기 때문에 agarose gel에서 비교가 안되기 때문입니다.