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질문 PAGE gel EMSA (Protein-Protein interaction, data 있음)
개구리순똘  | 2016.07.27 16:31
Protein-Protein interaction은 확인해야겠고, 두개 단백질 모두 histidine tag을 이용해 정제를 했기 때문에, 6x his antibody로는 coIP 실험을 할 수 없고,

특이적인 Antibody를 사자니 비싸고, 만들자니 시간이 오래 걸리고 해서 PAGE gel로 EMSA를 해보았습니다. (워낙 Nucleic aicd-protein interaction을 EMSA라고 하다보니, 이 실험도 EMSA라고 하는게 맞을지 모르겠네요.)

보통, Protein-Nucleic acid의 경우에 EMSA를 많이 하길래, Protein-Protein의 경우도 될까 싶었지만, 실험은 잘 된것 같습니다. 아래 data를 보시면, Protein B의 양이 증가 됨에 따라서, Protein A band가 점점 연해지는 것을 확인할 수 있습니다. Protein A가 Protein B와 interaction 하여서, 위쪽으로 shift 되었다고 볼 수 있습니다. 한가지 단점은, Protein A와 ProteinA-B complex의 크기가 구분이 쉽게 되지 않는 것입니다.제 단백질은 protease 기능이 없지만, Protein A가 분해가 된 것이 아니냐고 따질 수도 있을 것 같습니다만, SDS-PAGE로 separation 시켜서 보여주면 될 것 같습니다.

제 개인적인 생각으로는, 제 실험에는 문제가 없다고 생각되는데, 사람들이 워낙 coIP를 가지고 실험을 하다보니, reviewer들이 coIP를 해보라고 하지 않을까 싶기도 합니다. 저는 coIP 보다 제가 한 방법이 훨씬 간편하다고 생각이 들고, 문제가 안된다면 앞으로도 이와 같은 방법으로 실험하고 싶은데, 혹시 제가 캐치하지 못하고 있는 제 실험의 단점이 있을까요?? 혹은 제가 EMSA라고 검색해서 그렇지, 다른 이름으로 불리면서, 이미 많이 사용되고 있는 실험인가요??
(한가지 단점으로, 저의 경우엔 A,B의 위치가 크게 달라서 괜찮았지만, Protein A와 Protein B의 위치가 비슷하고, complex protein 또한 shift가 크게 확인이 되지 않는다면 실험이 어려울 수 있겠네요..)

추가) 생각해보면 Super-shift도 protein-protein interaction을 보는 것이고, 종종 쓰이는 실험기법이라, 제가 한 실험도 아무 문제 없을 것이라 생각이 되기도 하네요.
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#Protein interaction
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리바보에게바보가  |  2016.07.30   
이것은 제대로 된 EMSA가 아닐 뿐더러 별로 좋은 데이터 같아 보이지도 않습니다. EMSA는 말 그대로 mobility shift를 보는 것인데, 이 데이터에서는 어떠한 shift가 생겼나요? EMSA는 A가 사라지는 것을 보는 것이 아니라 A-B complex가 다르게 migration하는 것을 보는 것입니다.

방금 간단히 구글링해보니 EMSA로 protein-protein interaction을 보는 경우도 있긴 있군요. 하지만 하나의 단백질에 label을 하여 (eg. fluorescent, radiolabeling, etc) 그 labeling의 shift를 readout으로 삼았군요.
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