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질문 NGS 기초질문좀 할께요~
뒷다리joon  | 2016.07.26 11:19
첨부파일 파일첨부: ngs spec.jpg (123 KB)
이미지 첨부파일
안녕하세요. NGS 초보입니다.

장비들을 살펴보고 있는데

헷갈리는게 많네요.

Output, Reads, Read length, Read per run, Run time, analysis time, Sequencing time 등등.. 비슷한듯한 용어들이 많은데요..

각각 무슨의미인지, 어떤 차이가 있는지 궁금합니다.

NGS를 잘 모르는 초보이니 쉽게 설명좀 부탁드려요~
(그림파일 첨부했어요)
#NGS
 
#illumina
 
#PGM
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리Marine  |  2016.07.27   
Output 이란 기기를 '1회' 작동시킬 때 얼마나 많은 염기서열을 읽어 낼 수 있는지 입니다.
output이 많을 수록 한번에 읽어 낼 수 있는 서열이 많다는 것 이므로 기기의 성능의 지표가 될 수 있겠죠?? 
Read length 란 기기가 해독가능한 서열단편의 최대길이 입니다. 길게 읽을수록 assemble에 유리 하지만 기술적인 한계가 있어 short-read NGS 는 대부분 500~600 이 최대 입니다.
Reads 라는 것은 위에서 말한 서열단편을 읽을 때 얼마나 많은 갯수의 단편 서열이 생성되는 지 입니다.

Read per run, analysis time, Sequencing time 등 나머지는 그냥 쓰여있는 그대로 입니다.
간단히, sequencing time 은 run time 과 같은 말로 기기를 작동하는데 걸리는 물리적인 시간이고
analysis time 은 그 결과를 연구자가 사용할 수 있는 데이터 형식으로 바꾸어 결과를 내는 데 까지 걸리는 시간으로 보면 될거 같습니다.

참고 : https://www.youtube.com/watch?v=WYBzbxIfuKs
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