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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
조회 2867  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 안녕하세요 sequencing 검사결과를 받았는데 해석좀 도와주세요.
알바그지  | 2016.07.25 21:59
제가 아직 잘 몰라 질문답변을 위한 정보가 많이 부족할 수 있습니다...ㅜㅜ
sequencing 검사 결과를 의뢰하였고 검사결과를 받았습니다.
프로그램을 돌려서 확인해본 결과
모든 sequence가 틀린곳 없이 성공이었는데요...
ㅠㅠ
맨끝 제한효소 site가 한곳이 이상하네요
저는 Xho1을 사용하였는데요
Xho1은 CTCGAG 인데 sequencing결과 CTTGAG로 나왔네요..
너무 당황스러운데 이게 뭘 뜻하는지 아시나요?
왜 이렇게 결과가 나왔을까요??
제한효소 처리하고 전기영동을 통하여 band를 확인했을때는
다른 잡 band가 나오긴 했지만.. insert와 vector 사이즈의 band를 확인했습니다.
이것을 보면 안잘리진 않은거 같은데요.. (또 궁금한게,, vector는 3.0kb, insert는 1.3kb인데
2000쯤에서 진한 band가 나타나네요 sample을 3개로 했는데 모두 나타났습니다.)
어찌된일일까요.. 애초에 primer가 잘못인가 싶어서 확인해보니 제대로 였습니다.
일단
sequencing peak사진을 첨부합니다..
upload imagepeak가 이상한것만 알겠고 그외 다른 정보는 아직 미숙해서 잘모르겠네요ㅠㅠ 도와주세요
저 peak사진에서 80부근에
CCTAGA가 문제의 잘못나온 Xho1 site입니다. (상보적으로 읽은거)
음.. 무슨이유로 보시나요?
원래대로라면 sequencing 확인 후 성공적이었다면, 다른 vector에 집어 넣은 뒤
tramsformation을 시작하려 했습니다. 그대로 진행해도 괜찮을까요..?

많은 답변 부탁드립니다.
#DNA cloning
 
#seqeuncing
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리Daegu*  |  2016.07.26   
사진만 봐서는 정확히 답변드리기 어려우나 sequencing시 양끝. 즉 앞쪽 100bp 와 뒤쪽 100bp는 신뢰구간이 아닙니다. pcr product를 sequencing 하신거라면 ligation후 vector를 full sequencing 해보시기 바랍니다.
대왕개구리강시  |  2016.07.26   
90bp 까지는 잘라버리고 읽으세요.
알바그지  |  2016.07.26   
ligation까지 하고 full sequencing 보낸거에 대한 답변이에요..
Nhe1-///-Xho1이건데요
저게 reverse 쪽이라서
저 80부근이 CTCGAG가 원래 Xho1부근이에요
근데 지금 다 잘 나와는데 저부분만 CTTGAG에요
ㅠㅠ
개구리Daegu*  |  2016.07.26   

그럼 저 위치가 3' 쪽이라면, vector의 3' universal primer로 거꾸로 한번 읽어 주셔서 대조해 보시면 됩니다. 혹은 5' 쪽이라면 5' universal primer로 읽어 주세요.

개구리Daegu*  |  2016.07.26   

아참 그리고,, 혹여 universal primer로 읽었는데 나온 결과가 위에 올린 data라면, 벡터에서 MCS앞쪽에는 promoter가 존재하는데요, 이러한 promoter를 읽을 수 있는 primer들이 존재하며 이러한 primer를 사용하여 sequencing 에 이용하기도 합니다.

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