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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 bisulfite genomic sequencing 질문이요
arctrus  |  2016.06.26 01:24
non-CpG 관련해서 실험하는데 bisulfite genomic sequencing을 기존에 보고된 논문을 따라서 진행을 했었는데요

논문에 사용된 primer로 PCR도 제대로 진행됬고 T vector cloning 까지 해서 sequencing 확인까지 해서 원하는 부분이 제대로 sequencing 된것도 확인했습니다

근데 PCR product 내에 cytosine 이 80개 정도 되는데 이중에 non-CpG methylation 된 cytosine 을 4개만 선정해서 논문에 실려있습니다

제 결과로는 같은 sample에서 80개중에 거의 대부분이 methylation 된 걸로 확인이 됩니다
CT conversion 은 확실히 잘 된것도 같이 진행한 다른 sample에서 확인했습니다

CpG 의 methylation 을 확인하는 실험은 많이 했었으나 non-CpG 를 확인하는건 처음이라 이게 잘 모르는 부분이 좀 많습니다

제가 어떤부분을 잘못 진행하는지 잘 모르겠습니다

참고했던 논문도 적어두겠습니다
2014 Nature neuroscience. 
Distribution, recognition and regulation of non-CpG methylation in the adult mammalian brain

#bisulfite genomic sequencing
 
#non-CpG methylation
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