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질문 gel extraction 수율이 너무 낮습니다.
신입생  | 2016.05.24 00:33
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)
신입생입니다. 요즘 클로닝 진행하고 있는데 gel extraction수율이 너무 떨어져 고민입니다.
gel extraction kit을 이용해 프로토콜대로 gel extraction을 실시하면 수율이 10%정도 밖에 나오지 않네요...  조언 부탁드립니다.
(gel extraction kit은 guanidine thiocyanate과 column을 이용하는 것입니다.)


2ug DNA를 XbaI으로 37도, 1시간 cut. 이후 CIAP처리후 37도 1시간

이후 1% agarose gel에  전기영동실시.

gel extraction kit에서 제공하는 protocol대로 진행

최종 남는 DNA양은 200ng
#gel extraction
 
#수율
 
#클로닝
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리별숲  |  2016.05.24   

전기영동 결과는 정상인가요? (모두 잘 잘렸나요?)

전기영동 결과가 같다는 전제 하에, gel extraction 단계에서,
같은 버퍼, 시약, 키트를 사용했는데 본인의 수율만 낮게 나온다면
실험기구 조작에 따른 개인 편차라고 봐야겠지요.

그런데 실험실의 다른 구성원들도 모두 수율이 낮게 나오다면
wasing buffer (80% EtOH) 다시 만들기
gel cutting 할 때 가급적 얇게 자르고 TAE 버퍼 제거하기
등을 시도해 보세요.

개구리늑대  |  2016.05.26   
gel이 제대로 녹았는지 확인해보세요. 


눈으로는 녹은 듯 보여도 젤리처럼 떠다닐때가 있습니다. 


젤 녹이는 시간을 좀 늘려보시던가 잘 흔들면서 확실히 녹여보세요. 



종근당  |  2016.06.03    
agarose의 문제인것 같네요

목적하는 DNA fragment의 분자량에 따라 사용하는 agarose의 종류가 달라집니다.

gel elution의 경우 일반적으로 low melting point agarose를 쓰는데 

일반적인 agarose를 사용할 경우 elution 수율이 매우 낮습니다.

아래 사이트 참고하셔서 agarose 보시면 될거에요.

http://takara.co.kr/web01/product/productList.asp?lcode=D057501
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