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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 primer design, sequencing 의뢰하려고 합니다
hayaya  | 2016.04.15 17:56
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)

안녕하세요 석사과정중인 한 학생입니다.
세균에서 특정 유전자를 PCR하여 sequencing하려고 하는데
지도교수님께서 얻은 sequence가 hairpin 구조를 가지는지 알아보라고 하십니다.
혹시 hairpin 구조를 가지는지 알아볼 수 있는 program이나 사이트가 있을까요??

또 primer를 design할 때 저는 sequence를 ncbi 같은 site에서 얻어
MS word로 primer를 직접 design하는데 primer design을 해주는 program이 있다고 들었습니다. 혹시 아시는분 답변해주시면 감사하겠습니다.

#pcr
 
#sequencing
 
#hairpin
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뒷다리야산  |  2016.04.16   

primer blast가 있긴 한데 이걸 말씀하시는 게 맞는지는 잘 모르겠네요
ncbi에서 제공하는 건데 이거 사용 안 하시고 워드로 작업하신다면.. 대단하세요 ㅜㅠㅜ 계산이 복잡할 것 같던데
구글에서 primer design이라고 검색해 보시면 진짜 많이 나와요! 한 번 검색해 보세요

올챙이Kh:D  |  2016.04.17   
Vector NTI나, primer3가 아마 대다수 실험실에서 사용하는 software일 겁니다.
구글에서 Primer design program, software, tool 등으로 검색하면 나오는데,,
이게 무료도 있고, 유료 버전도 여럿 있습니다.

참고문헌 발견해서 더 적습니다.
ApE - 작고 공짜이며 사용이 매우 쉽다.
Serial Cloner - 공짜, Mac에서도 사용 가능
Vector NTI - 강력하지만 사용법을 익히기 어렵다.
DNA Star - Vector NTI와 쌍벽을 이루는 software
Genious - Basic은 공짜로 사용 가능. 다른 상용 software에 비해 싸다.
pDRAW32 - 공짜, 사용이 쉽고, virtual cloning에 매우 편리
NEBcutter V2.0 - NEB에서 나온 freeware
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