보통 acrylamide gel(native gel)을 이용해서, 그리고 RNA에 동위원소를 달아서 확인을 많이 하는 것으로 알고 있습니다.
그치만 동위원소 실험은 익숙하지 않고, PAGE gel보다는 agarose gel이 훨씬 빠르고 편하기 때문에 agarose gel로 이용하고, Etbr 염색을 통해 확인을 해보았습니다.
제가 이 실험방법이 제대로 된 실험방법인지 확인하기 위해서, 제 실험을 하면서 동시에, 이미 논문상에서 RNA-protein interaction이 검증된 것을 control로 사용했습니다.(논문 상에는 PAGE gel에 동위원소로 detection 하였구요.)
그런데 예상밖으로, 제 실험군은 mobility shift가 확인이 되었는데, 이미 검증된 control은 확인이 안되었습니다.
이러한 결과의 이유로 생각중인 것은, control의 RNA-protein interaction이 이루어지기 위해서는 Mg2+ 이온이 중요한데, binding 할 때는 Mg2+를 넣어줬지만, gel이나 running buffer에는 Mg2+가 들어가 있지 않아서 생긴 결과가 아닐까 추측중입니다. (running buffer에 Mg2+를 추가하였더니 RNA가 running 중에 다 분해가 되는지 detection이 전혀 안되었습니다.)
어쨋든, 다른 사람들이 괜히 불편하게 PAGE gel을 쓰는 이유가 있을 것 같은데, agarose gel보다 PAGE gel을 선호하는 이유는 무엇인가요? 그리고 저의 가설이 타당한지, 혹은 그 외에 비슷한 경험담이나 조언해주실 것이 있다면 아무것이나 답변 부탁드립니다. (PAGE gel 실험을 한다고 하더라도 고민인게, 그냥 running buffer나 native gel을 평소 만들던대로 만들면 되는 것인지, 아니면 binding이 이루어지기 위한 buffer 조성에 맞추어서 running buffer를 사용하거나, 그 조성에 맞게 gel을 만들어야 한다거나 하는 경우들이 있기도 하나요?)