어떠한 분자가 cytokine에 의해 발현되는데, 이 때, 전사인자의 활성과 cytokine, molecule을 positive loop로 보고 있습니다. 전사인자로서 C/EBPbeta를 찾았고, 그 인산화 된 phospho-C/EBPbeta가 어떤 분자 발현에 영향을 주는것으로 생각하고 있습니다. 일단 이것은 웨스턴으로 phopho-C/EBPbeta의 발현을 확인했습니다.
그래서 그 다음으로 ChIP assay(chromatin immunoprecipitation)을 진행하려고 합니다. ChIP assay의 전반적인 개요가 promoter에 붙어있는 전사인자 단백질이 붙어있어서 이 단백질에 특정한 antibody를 이용해서 이 항체-단백질의 complex를 beads를 통해 끌어내리면 이 전사인자 단백질이 붙어있는 gene의 promoter까지 같이 잡히게 되어 이것을 PCR로 확인하는 것으로 알고 있습니다.
그런데 항체-단백질의 complex를 phospho-C/EBPbeta로 내리고, PCR 확인 시에는 C/EBPbeta primer로 확인해도 되는지요? 인산화가 되었다고 해서 sequence가 변하지는 않을 것같지만, 저희가 주장하는 바로는 'C/EBPbeta의 인산화된 형태가 어떠한 분자의 전사인자로 작동한다' 인데, 이렇게 실험을 진행해도 될런지요