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 전체 > Molecular Biology-RNA > Small RNA Analysis
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질문 NGS(next generation sequencing)관련 질문입니다.
답답하다.  |  2016.03.02 16:28
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)

안녕하세요...

저희 실험실이 NGS를 첨 해보는 거라 어디 도움을 받을 곳이 없어 이렇게 질문을 드립니다.
간략하게......
우선 NGS를 통해 miRNA발현을 패턴을 알아보기 위해 돌렸습니다.

실험은  제가 trizol을 가지고 total RNA를 뽑으면 업체에서 RNA QC를 하고 sequencing을 하였습니다.

total RNA를 뽑아서 업체에 보내서 qc를 통과하여 sequcecing실험을 완료하고 분석까지 끝내서 결과가 왔는데.....

결과를 간단하게 말씀드리면, 5sample 3반복 하였구요, sample당 total read number는 약 1억개 전후로 나왔습니다. 근데 제가 보고 싶던 miRNA의 detection number는 많은 sample 100개 적은건 10개 정도 나왔습니다.

이건 뭐 분석이고 뭐고 할게 없는 junk data가 만들어졌습니다.

업체 쪽에서는 제가 RNA를 잘못뽑아서 그렇다는 식으로 떠넘기고 있습니다.

그래서 이곳에서 경험많은 분께 여쭙고 싶습니다.

RNA를 뽑는 것 까지는 저의 책임이 맞다고 생각합니다. 그런데 qc는 업체 쪽에서 하였고, qc를 통과 못하면 다시 뽑아서 주면 된다고 말하였습니다. 앞에서 말씀드린 것처럼 qc는 잘 통과하였습니다. 그럼 당연히 qc부터의 책임은 업체쪽에 있는것이 아닙니까? 제가 RNA를 잘못뽑았다면 qc를 통해서 당연히 문제를 미리 걸러야내야 하는것이 업체의 역할이 아닙니까? 이 모든 과정의 잘못된 결과를 저 혼자 책임지는 것이 맞는지 개인적으로는 이해가 되지 않습니다.

그리고 어떻게 qc를 통과한 5개의 sample 모두에서 제대로 된 결과가 하나도 안나왔는지 이해가 되지 않습니다. 이렇게 모든 결과가 좋지 않다면 당연히 sequencing실험을 의심해 보고 업체에 책임을 물어보는 것이 맞는지 알고 싶습니다.

NGS경험이 많으신 분들의 도움 부탁드립니다.

#NGS
 
#miRNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리별숲  |  2016.03.02   
target 자체가 mRNA가 아닌 miRNA라는 것을 충분히 업체에게 인지시켰는지 궁금합니다.
QC도 그에 맞춰서 (target이 miRNA인 점을 고려해서) 진행했더라면 좋았을 텐데요.
NGS  |  2016.03.03    

선생님 보통 NGS하기전에 샘플QC가 중요한데 보통 기관이나 업체에서 Agilent Bioanalyzer라고 하는 분석장비로 RNA QC를 합니다.RIN값이 7이상 되서 통과되었기 때문에 분석이 진행됐을거라 생각됩니다. 아마 분석 시 무언가의 오류?가 생각됩니다...그렇다고 싸울 수는 없고... 업체랑 다시 잘 얘기해보시기 바랍니다.

www.insungscience.com
http://blog.naver.com/issci

개구리A'ANE  |  2016.03.04   
miRNA가 타겟이란거도 변수가 될수 있고, Trizol 을 이용한 층분리법도 변수가 될 수 있습니다. 전통적인 층분리법은 Phenol성분이 inhibitor로 작용하기 떄문에 RNA 가 잘 뽑혔어도 차후 실험에 문제가 될수 있습니다. RNA seq 등급의 miRNA 뽑는게 가능한 방법으로 해보시기 바랍니다


(http://www.zymoresearch.com/rna/rna-isolation/rna-from-trizol-tri-reagent/direct-zol-rna-miniprep)라는 제품을 참조하세요. 
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