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레벨5
Marine
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16.01.26 20:59
아무래도 Large subunit rRNA 가 degradation 되어 18S, 28S rRNA 가 한뭉치로 보이는 것이라고 생각되는데..
일단, 15분은 너무 짧게 하신 것 아닌가요? 좀더 시간을 오래 내려 보시면
rRNA쪽 band가 어떤상태인지 더 확인이 잘 될거 같습니다..
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레벨1
RNA...
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16.01.26 21:48
이 사진 전에 고농도로 뽑은 RNA를 gel의 2/3까지 내려서 확인 했을 때도 이렇게 뭉친상태로 내려와서 예전 sample이랑 희석한 sample 같이 내린 사진입니다.
어제 U.P.W로 elution 후 바로 Deep freezer에 보관 했고 오늘 녹여서 사용했는데 혹시 DEPC water 로 elution을 하지 않아 Degradation 됐을 가능성도 있는건가요? 그리고 이렇게 Degradation 된 RNA는 Nano-drop으로 측정하는 게 의미 없는 일인지도 궁금합니다.
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레벨5
Marine
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16.01.28 10:06
RNA가 부분적으로 degradation 되어 있는 상태에서도 nanodrop 값에는 문제가 없는 경우도 있습니다.
그래서 integrity를 확인할 때 꼭 전기영동이 필요한 것 이구요.
또 RNA실험에 들어가는 물 들은 DEPC water를 쓰시는 것이 degradation을 최소화 할 수 있구요
그리고 전기영동 buffer도 항상 새로 쓰시고
전기영동 tank등도 RNAse contam 에 조심하시는 것이 최선입니다..
RNA 18S와 26S의 밴드 크기가 작기때문에 1% Agarose에 하는 것보다 2% Agarose에다가 하셔야 하구요. 위에 분에 말처럼 RNA Elution일 경우 DEPC가 처리 된 water을 사용해야 되요. 어느 프로토콜을 봐도 멸균증류수나 U.P.W를 사용하라는 말은 나오지가 아나요.