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 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
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질문 DNA추출실험에서 질문있습니다
리드베리  | 2016.01.05 19:57
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)
퀴아젠 Kit를 사용하여 GM콩에서 DNA추출하는 실험을 진행했습니다.

시료를 액체질소로 갈아서 각각 0.08g씩 6개의 tube에 분주하였습니다.

AP1 buffer를 처리하고 RNase를 처리하는 과정에서 피펫조작 실수로

RNase가 2개 정도 tube에 덜 들어간 것을 알았고, 부족한 tube에 RNase를 약 1~2마이크로 정도

더 채워넣었습니다.

이후에는 프로토콜대로 실험을 진행하였고, 6개의 tube를 2개의 column에 3개씩 합쳐서

실험을 진행했습니다.

질문입니다. DNA추출 후에 나노드랍을 통해 순도와 농도를 측정했는데

순도는 2개 모두 2.2 정도가 나왔습니다.

그런데 농도가 첫번째 tube와 두번째 tube가 2배정도 차이가 납니다.

230,260,280 흡광도 값 역시 2배정도 차이가 나구요.

DNA가 contamination된 것일까요? 아니면 단순히 농도가 높은 걸까요?

RNase의 영향이 있는 걸까요?

조언부탁드립니다.
#DNA 추출
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리강시  |  2016.01.06   
아마도 RNA가 완전히 제거되지 않았을것라 생각합니다.
나노드랍은 정밀하지 않다는 생각을 합니다.

확인하는 것은 결국 아가로시 젤에 걸어보는 수 밖에 없습니다.
나노드랍이든 스펙트로포토메터건 간에 결국 용질의 흡광도 차이를 이용하는 것인데 이 흡광도라는것이 DNA나 RNA나 모두 염기에 의한 흡광도입니다. RNA는 염기가 노출되어 있어서 조금만 오염이 되어도 DNA에 비해서 더 높은 흡광도를 보입니다.
또한 RNase를 처리하면 잘게 잘린 RNA monomer들은 intact RNA 보다 흡광도가 훨씬 더 높습니다.
그런 이유로, 흡광도 측정은 RNA를 다 제거하고난 후에, DNA 정제가 다 된 후에 측정해야합니다.
리드베리  |  2016.01.06    
답변감사합니다!

추가 질문인데요 혹시 RNase가 과량으로 들어간 경우에도 질문과 같은 흡광도 차이가 발생할 수 있나요?

2개의 tube모두 같은 시료를 같은 시간동안 처리했는데, 그렇다면 RNase나 다른 DNA의 contamination을 의심해볼 수 있는 건가요?
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