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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 시퀀싱 결과 해석
ㅠㅠ  | 2015.11.11 12:42
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)
시퀀싱 결과를 처음 받아보는데요.... snp 확인하려고 시퀀싱 하고 있는 과정인데..

upload image

31번째 c 피크를 cc 로 읽을 수 있을까요?

blast 돌렸더니 원래 염기서열은 caa 인데 시퀀싱 결과 c-a여서....

이곳이  deletion mutation이라고 봐도 될지요....
#sequencing
 
#시퀀싱
 
#peak
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
school  |  2015.11.11    

peak shape를 봐야 판단할 수 있겠죠. 알파벳 리드가 항상 정확한 건 아닙니다.

ㅠㅠ  |  2015.11.11    
그림 올리는걸 깜빡하고 그냥 올렸네요 ㅠ 다시 그림 추가 했습니다.ㅠ
school  |  2015.11.11    
리드에러로 보입니다. 31번부터 CCAA로 읽으시면 될 듯하네요. 상당히 앞쪽이라 저렇게 peak overlap이 생기는 경우가 잦습니다. 정확하게 보고 싶으면 -100이나 -200에서부터 다시 읽어와야겠네요.
개구리현직백수  |  2015.11.11   

피크만 보면 CC라 할수있으나
대부분 50cm 캐필러리 사용하여 시퀀싱을 하는 관계로
80bp이하는 버리는게 좋습니다

프로덕트가 1kb 이라면 리버스 프라이머도 함께 봐보심이...

대왕개구리강시  |  2015.11.11   
부근의 각 peak간의 간격을 보세요.
G-G 간격과 T-T 간격의 거리가 대충 나옵니다.
얼핏 C가 두개의 피크처럼 보이지만 그 두 피크 사이의 간격이 너무 좁습니다.
C 하나로 보입니다.

그 뒤의 A 도 피크간의 간격을 보면 AA로 보입니다.
제 의견은 TGGTTCAA 입니다.


그러나 이런 경우 반대방향애서 읽은 피크를 보고 결정하는게 맞습니다.
한번 헷갈리는 피크는 같은 방향으로 읽는것 보다는 반대방향으로 읽는게 정확합니다.
.........  |  2015.11.12    

저도 강시님 의견과 동일합니다.

반대로 읽어봐야 더 정확히 나오지만, 일단 올려주신 사진을 봐서는

GGTTCAA 가 맞는듯 합니다.

하지만, 댓글만 보셔도 아실수 있듯이, 의견이 갈리므로

객관적인 판단을 하기 위해선 반드시 추가적인  sequencing이 필요할듯 합니다.

개구리별숲  |  2016.02.26   

저도 강시님 의견과 동일하게
GGTTCAA 라고 생각합니다

다만 30 bp 내외인데도 peak 이 낮고 퀄리티가 좋지 않네요.
재반응 또는 반대방향 primer로 추가 시퀀싱이 반드시 필요해 보입니다.

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