1. 현재 이 계통도 상으로는 맞지만, 어떤 Sequence로 하였는지에 따라 달라 질 수 있습니다.
2. Bootstrap value 라고 해서 간단하게 말하면 반복시의 신뢰도를 의미 합니다.
 가령 100이면 100번 계통도를 그려 봤을 때, 100번 모두 같이 묶였다는 의미이고
 25라면 100번 중 25번 만 같이 묶였다는 의미 입니다.
 즉 질문자님의 계통도는 전체적으로... 낮은 Bootstrap value를 보이고 있습니다.
3. 위 2번에서의 이유처럼 상당히 낮은 bt value를 보아 현재 계통도는 신뢰성이 떨어집니다.
 어떤 Sequence로 그리셨는지 모르겠지만,
 아무래도 이전단계에서 align이 제대로 맞지 않는  sequence들로 그리신거 같은데... align을 다시 해보심이 좋을듯 합니다.

위에 답변에 추가로,
유전자마다 특성이 다르므로 align이 제대로 되어도 위와 같은 결과가 나올 수 있습니다. 아마 NJ 계통수일 것 같은데, 밑출친 종이 다른 종과 유사하다고 하셨는데 NJ는 밑줄친 종 말고 다른 종과 더 가깝게 묶인 종들이 있어 위의 계통수에서 멀리 보이는 겁니다. 즉, 상대적으로 더 가까운 무리가 있다는 거죠. NJ가 아니어도 알고리즘은 다르겠지만 유사도가 높다고 하나로 묶이는 것은 아닙니다. 그리고 bt 값들이 낮으므로 재현 시 동일한 결과가 안 나올 확률이 높습니다.

감사합니다 많은 도움이되었습니다.