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질문 RNA에 바코드 붙이기
알소고기형  |  2015.09.18 09:34
안녕하세요, 이제 막 metatranscriptome 연구를 시작한 한 학생입니다. 샘플 풀링을 위하여 RNA에 T4 RNA ligase를 이용하여 바코드를 붙이는 잡업을 해야할 것 같은데 이 작업을 해 보신 분들 께 조언을 구하고자 글을 적게 되었습니다.

1. 얼핏 듣기로는 바코드의 일부만 붙거나 바코드가 아예 안붙는 경우가 종종 있다는데, 이건 그냥 운인가요? 아니면 극복할 수 있는 방법이 있을까요?
2. 손을 많이 타는 편인가요?
3. 효소를 이용하는거니까 온도에도 민감할 것 같아요ㅜ. 혹시 전반적으로 팁이나 주의사항같은 것이 있다면 알려주시면 감사하겠습니다!
#Metatranscriptomics
 
#Barcode
 
#RNA ligase
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리바보에게바보가  |  2015.09.19   
1. 타깃이 되는 RNA의 sequence나 structure에 따라 ligation efficiency의 차이가 생길 수 있고, 따라서 어느 정도 bias가 나타날 수 있습니다. 사실 이건 모든 종류의 library 제작에서 아주 중요한 문제입니다.

2. Ligation 자체야 우리가 하는 것이 아니라 enzyme이 해주는 것이니 크게 손을 탈 일은 없습니다. (기본적인 RNA work에 익숙한 분이라 가정할 때)

3. 온도는 16도-22도 정도면 됩니다. 주의사항으로는... 딸려오는 ligase buffer에서 DTT 냄새가 나지 않는다면 당장 버리시고 새로 buffer를 만드세요.
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