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re-seq, RNA-seq, methylaion분석 데이터를 이용한 분석연구관련 질문
논문연구 (비회원)
안녕하세요!
작물 종 중 reference연구가 완료된 작물의 품종별(동일 계열내 4개 품종)를 선별하여 re-seq, RNA-seq, methylaion분석를 진행하였습니다.
1. 품종 선별 기준 : 특정 물질(효소)의 생산 함량이 다른 품종(0%, 12%, 18%, 25%)을 기준으로 선별함.
2. 연구목적 : 1. 특정물질(효소)과 관련된 후보 유전자의 선별
2. re-seq, RNA-seq, methylaion분석 데이터를 통한 특정물질(효소)에 대한 유의적 관계 확인
3. 실험 방법: 함량이 다른 품종(4품종)에 대해 시기별(1시기, 2시기, 3시기)로 re-seq, RNA-seq, methylaion분석 진행
4. 진행 사항 : 현재 re-seq의 경우 맵핑이 완료되었으며, SNP calling를 하였음.
RNA-seq은 cummeRbund를 진행하려하고 있음.
, methylation data의 경우 SAM파일을 가지고 있음.
5. 진행 계획 : Transcription Factor(TF)를 검색할 계획임.
re-seq데이터를 통해 프로모터 지역에 SNP를 확인할 계획임
RNA-seq데이터를 통해 시기별 품종별 발현량(gene expression)을 확인하고자 함.
methylation분석 데이터를 통해 프로모터 지역에 methylation이 일어났는지를 확인하고자 함.
이렇게 실험이 진행되고 있으며, 가장 큰 문제로 생각하는 것은 re-seq, RNA-seq, methylaion분석데이터를 어떻게 묶느냐인데..그리고 어떤 데이터들을 생산해서 품종별 특정물질(효소)의 발현이 다른 이유는 SNP와 methylation의 영향이 일부 작용하여 발현에 영향을 미치더라를 증명하는 것..입니다.
연구방향은 잘 보고 있는지도 의문이긴 하기에 선배님들의 조언이 절실히 필요합니다. 많은 조언 부탁드립니다. re-seq, RNA-seq, methylaion분석데이터를 두고 어떤 방향으로 연구를 진행하였으면 좋을까요? 그리고 분석 툴 등에 대한 소개도 부탁드립니다.
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