[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
제품평가단 모집
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3
LABox-과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 안전점검 논문교환 LABox
 전체 > Plant Biology > etc.
조회 2410  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 re-seq, RNA-seq, methylaion분석 데이터를 이용한 분석연구관련 질문
논문연구  |  2015.07.29 13:20

안녕하세요!
작물 종 중 reference연구가 완료된 작물의 품종별(동일 계열내 4개 품종)를 선별하여 re-seq, RNA-seq, methylaion분석를 진행하였습니다.
1. 품종 선별 기준 : 특정 물질(효소)의 생산 함량이 다른 품종(0%, 12%, 18%, 25%)을 기준으로 선별함.
2. 연구목적 : 1. 특정물질(효소)과 관련된 후보 유전자의 선별
                   2. re-seq, RNA-seq, methylaion분석 데이터를 통한 특정물질(효소)에 대한 유의적 관계 확인
3. 실험 방법: 함량이 다른 품종(4품종)에 대해 시기별(1시기, 2시기, 3시기)로 re-seq, RNA-seq, methylaion분석 진행
4. 진행 사항 : 현재 re-seq의 경우 맵핑이 완료되었으며, SNP calling를 하였음.
RNA-seq은 cummeRbund를 진행하려하고 있음.
, methylation data의 경우 SAM파일을 가지고 있음.
5. 진행 계획 : Transcription Factor(TF)를 검색할 계획임.
re-seq데이터를 통해 프로모터 지역에 SNP를 확인할 계획임
RNA-seq데이터를 통해 시기별 품종별 발현량(gene expression)을 확인하고자 함.
methylation분석 데이터를 통해 프로모터 지역에 methylation이 일어났는지를 확인하고자 함.

이렇게 실험이 진행되고 있으며, 가장 큰 문제로 생각하는 것은 re-seq, RNA-seq, methylaion분석데이터를 어떻게 묶느냐인데..그리고 어떤 데이터들을 생산해서 품종별 특정물질(효소)의 발현이 다른 이유는 SNP와 methylation의 영향이 일부 작용하여 발현에 영향을 미치더라를 증명하는 것..입니다.
연구방향은 잘 보고 있는지도 의문이긴 하기에 선배님들의 조언이 절실히 필요합니다. 많은 조언 부탁드립니다. re-seq, RNA-seq, methylaion분석데이터를 두고 어떤 방향으로 연구를 진행하였으면 좋을까요? 그리고 분석 툴 등에 대한 소개도 부탁드립니다. 

#re-seq
 
#RNA-seq
 
#methylaion
답변하기
첫 댓글을 달아주세요.첫 답변을 달아주세요.
답변하기
할인행사 광고 검색광고
케이비티 케이비티
Stirrer, Dry Bath, Shaking Incubator, Thermo Shaker 등 다양한 제품.. (6.31까지)
에펜도르프코리아 에펜도르프코리아
Eppendorf 2020 상반기 프로모션 안내 : 실험실 필수품 피펫,원심분리기,PCR장비,초저온냉동고,M.. (4.1까지)
외부제휴사 광고 AD
e브릭몰
βeta
3/6  좌우
62,00058,900
52,70050,100
86,90082,600
153,100145,500
39,70037,800
47,20044,900
59,30056,400
84,70080,500
67,10063,800
20,40019,400
111,300105,800
169,600161,200
74,50070,800
196,000186,200
154,700147,000
87,40083,100
12,00011,400
69,20065,800
66,50063,200
317,100301,300
50,40047,900
195,700186,000
80,00076,000
55,70053,000
최근등록   더보기 >
pcr 밴드 안 나올 때.   03.28
사람 혈액에서 적혈구 분리하는 방법에 대해 구체적으로 알고 싶습니다   03.28
ITPG induction test시 lysis 안하나요.?   03.27
배지 구성물   03.27
플라스미드의 한개의 프로모터로 두개의 단백질이 나올 수 있을까요?   03.27
3T3E1 cell media NEAA 첨가시 문제가 될까요?..   03.27
CCK-8 질문   03.27
Deep freezer에 보관한 mouse serum에서 ALT, AST 분석   03.27
large plasmid를 agarose gel에서 확인하고 싶습니다.   03.27
피펫 단위.   03.27
오송첨단의료산업진흥재단
제품평가
[필코리아테크놀로지]
Sapphire Biomolecular Imager
필코리아테크놀로지
모집인원: 10명
모집기간: ~3/31까지
신청조건: BRIC 회원
평가자 혜택

- 참가자 전원 10만원 상품권 제공
- 우수평가자 5명에게 10만원 상품권 추가 제공

제품평가자 모집중
ZEUS
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ  |  실험 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
에펜도르프코리아