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double digestion을 통해서 확인을 하신 것 같네요.
uncut의 경우 supercoiled form이 나타날 수 있어 실제 크기보다 더 낮게 나오는 경우는 많기 때문에 논외로 하겠습니다.
Cut의 경우 예상결과가 나오지 않은 것 같은데, EcoRI의 경우 buffer의 종류에 따라, reaction time에 따라 star activity가 나타날 수 있습니다. 그래서 예상하지 못한 cut이 일어나는 경우도 있습니다. 물론 다른 RE의 경우에도 그런 것이 있습니다.
추천하자면, EcoRI, XhoI single digestion을 해서 그 size가 original vector size와 비교했을 때 upshift 했는지부터 먼저 확인해보기 바랍니다. Size가 upshift 되었다면 insert와 vector에 공통으로 존재하는 RE site 혹은 insert에만 존재하는 RE site를 이용하여 확인하는 것도 하나의 방법입니다(가능하면 single cut이 가능한 RE site를 찾아서 확인하세요).
Insert에만 존재하는 RE site가 있다면 가장 좋겠지만 그렇지 않더라도 공통으로 들어가 있는 site가 있다면 하나의 enzyme cut으로 two band를 얻을 수 있어 insert가 들어갔는지 여부를 확인하는데 도움이 될 수 있습니다.