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 전체 > Molecular Biology-RNA > etc.
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질문 denaturing gel에서의 EtBr. EtBr이 single strand도 염색 가능한가요?
개구리순똘  |  2015.05.06 21:11
EtBr이 염기의 사이사이에 끼어들어가 염색이 되는 것으로 알고 있습니다. 그리고 지금까지 double strand를 이루고 있는 부분에만 EtBr이 끼어들어갈 수 있는것으로 알고 있었습니다.

이번에 denaturing agarose gel을 처음 해보려고 하고 있는데,
RNA가 structure를 이루고 있을 경우엔 부분적으로 double strand를 이루고 있게 되어 EtBr 염색이 가능한 것으로 알고 있었는데,

denaturing gel에 EtBr을 사용하는 것을 보니, 제가 잘 못 알고 있었나 싶기도 합니다. gel 사진들 보면 denature 된 RNA가 EtBr로 염색도 잘 되더군요...

EtBr이 single strand DNA나 RNA도 염색할 수 있는게 맞나요? 만약에 아니라면 denaturing gel에서 RNA가 EtBr에 염색될 수 있는 이유가 무엇인가요?
#EtBr
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리식스센스  |  2015.05.07   
이론적으로 denatured DNA 혹은 RNA의 경우 완전히 linear form을 형성할 것으로 생각하지만 실제로는 그렇지 않습니다. 부분적으로 self interaction이 일어나 hair pin structure를 형성하기 때문에 EtBr이 intercalation이 될 수 있습니다. 물론 ssDNA 혹은 RNA 자체에서 일반적으로 일어나는 secondary structure보다는 훨씬 작은 규모입니다.
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