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질문 virus sequence alignment시에 reverse complement 되어있는걸 어떻게 알수있나요?
virus덕후  | 2015.04.21 18:36
두서없는 질문이지만 제목 그대로입니다.
제가 virus sequence alignment할때 NCBI에서 검색해서 다운받아사용하는데 가끔 같은 virus인데 너무심하게 안맞는경우가 있어서 확인해보면 reverse complement 되어있어서 그렇더라구요.
프로그램을 구버전을 써서 그런건지;;
SECentral을 쓰는데;;
혹시 gb파일에서 확인 가능할수 있는지요?
아니면 reverse complement까지 확인해서 alignment할수있는 프로그램이 있는지 알수있을까요?
NCBI에 있는건 1:다수를 1:1로 비교해서 한번에 보기어렵더라구요
여러 sequence를 비교하고 primer를 짜는데 사용하기엔 힘들거 같더군요
고수님들의 좋은 답변 기다리겠습니다.!
#sequence
 
#virus
 
#alignment
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