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 전체 > Chemical biology > Analysis
조회 6670  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 primer design좀 도와주세요..
골아픈primer  |  2006.04.24 00:00
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)
제가 real time을 하려고 primer를 design 하려 하는데요..

real time에 딸린 primer design program에 넣어서 primer를 찾으려고 했는데

GC content값이 넘 높아... 적당한 primer를 찾을수 없다고 나오네요...

그래서 제가 사용하는 ABI 회사에 전화를 했더니....

다른 program으로 돌려봤더니...taqman으로 하면 tamra도 안되고 mgb probe로 제작을

해야 한다고 하더라구요.... 흑흑 그것도 본사에 의뢰를 해야해서...약 3주가 걸린답니다....

제가 이 실험을 이주안에 끝내야 되는데...삼주라뇨...

게다가....taqman을 주문하기 좀 어려운 상황(넘 비싸서요..) SYBR으로 사용을 해야 합니다..

이런쪽에 능통하신 분들이 도와 주시면 안될까요?

제가 design하고자 하는 sequence는

atgaaaaagg taatccttgc ttttgtcgcc acggccttcc ttgccggttg cactacaacg 60
gggccggccg tggtgccggt tctcgatggc aaaccgcggg ttcccgtcaa caaaagcgtt 120
ccggctaaac cgcccctggc tcagcctaac cccgttgaca cttacgagga ctaa 174

입니다... 제발 도움의 손길을....
#primer design
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
미네르바  |  2006.04.24    
제가 보기에는 GC content가 그렇게 많이 높지 않은것 같은데요. 약 58% 정도의 GC content 면 PCR 또는 Real-Time PCR 에서도 문제가 없을듯 합니다.
님께서 보시고 Tm 이 약 60-65 정도 되는 위치에 primer를 선택하심이 좋을듯 하네요
예를 들어 님의 sequence중에 GTA ATC CTT GCT TTT GTC GCC ACG forward로 선택을 하신다면 basic Tm 이 57도, GC content는 50%가 나오니까 이런식으로 님께서 직접 잡아보심이 좋을듯 합니다.그럼 좋은 결과 있으시길 바랍니다.

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